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草山残梦

新虫 (小有名气)

[求助] DNA测序后为什么拼接

16S rDNA经测序后为什么要拼接,这里的“拼接”是什么意思啊?
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ZOEY21

金虫 (小有名气)

序列如果是双向测序的话 需要进行正反向拼接 可以用CExpress
因为测序结果首尾的几十个碱基是不准确的 拼接找到两条序列重合的部分 不确定的碱基根据峰图清晰的那个确定 好吧 我是这么做的
不只是16SrDNA
2楼2012-07-26 08:55:27
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sd3824289

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+1, 正解 2012-07-26 15:29:56
拼接就是在测序完成以后,序列是分段的,要将这些分段的序列重新组合成原来的序列!这个过程需要借助相应的软件来完成!而且有时候拼接是必不可少的环节!
坚持,就像流星,即使知道最后的结果,也要勇敢的走到最后!
3楼2012-07-26 09:17:36
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wu_shiyong

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-07-26 15:30:16
一代测序一般只能测500bp左右,而且钱100和后100一般可信度不高的你看看测序的峰图就明白了,二代要多,现在大多数都是一代。16S片段太长都是用primer walking,一段一段的测,最后拼接在一起成完整的序列!
低调稳重务实内敛---------------残
4楼2012-07-26 09:24:13
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gwbk

木虫 (正式写手)

直接告诉测序公司要求他们拼接就可以啦,至于为什么拼接,16srDNA约有1600bp,测序一个序列准确长度600-800bp,双向测2个或3个序列,所以需要把2个或3个片段拼接起来形成完整片段
5楼2012-07-26 11:02:22
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gungunak47

铁虫 (初入文坛)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
拼接  顾名思义 就是把测序后的几条序列 拼接到一起 成为一条
6楼2012-07-26 14:47:40
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84146922

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
现在的测序好像只能做到一个反应测700bp,超过了就要一段一段测序,然后拼接在一起,而且,测序前后的十多个碱基一般很难准。
7楼2012-07-26 23:16:08
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damaomao

禁虫 (正式写手)

感谢参与,应助指数 +1
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8楼2012-07-28 10:00:44
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tianchunying

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

测序都是分段的,每段大约800个碱基,而且前后段都是不太准确的,拼接到一起才是你要看的整个测序片段
天行健,君子以自强不息;地势坤,君子以厚德载物。
9楼2013-03-01 10:05:02
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