应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » DNAMAN拼接序列如何保存为线性序列？
61/1返回列表
查看: 4116  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

zhsp07

金虫 (小有名气)

[求助] DNAMAN拼接序列如何保存为线性序列？

华大测序的16S 未给拼接，只好自己拼接了，实验室里一直用DNAMAN拼接的，不过拼出来的序列导出后却没法直接拿去blast，是这样的，
GCCCAGGCGCTCATAAGGGGCATGATGAATGATGATTTGACGTCAT          300 TTTGTCACCGGCAGTCACCTTAGAGTGCCCAACTGAATGCTGGCAA          360
AAGATCAAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGA      420
还得手动删除后面的数字，有没有哪位大侠知道如何让导出的序列是连续的？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
车到山前必有路!
1楼 2013-03-27 11:17:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

niil

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhsp07(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助！ 2013-04-27 14:34:04
zhsp07: 金币+1 2013-08-27 08:18:39
带数字的序列是不影响blast的。直接拷到blast界面的序列窗口就可以了。数字会被忽略掉。
如果非要去掉数字的话，你输出的seq文件用DNAstar里的editseq 程序打开就可以了。我不太清楚DNAman里面是否有格式序列的功能能实现你的想法。
赞一下 回复此楼
Stop fighting,let it flow.
2楼2013-03-27 12:09:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhsp07

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by niil at 2013-03-27 12:09:05
带数字的序列是不影响blast的。直接拷到blast界面的序列窗口就可以了。数字会被忽略掉。
如果非要去掉数字的话，你输出的seq文件用DNAstar里的editseq 程序打开就可以了。我不太清楚DNAman里面是否有格式序列的功能 ...

谢谢。直接去比对确实可以，不过刚才试了一下，剪切两边的序列时，看着很不好看，而且比对比较多的时候，粘贴新的序列的时候也挺麻烦的。
赞一下 回复此楼
车到山前必有路!
3楼2013-03-27 13:52:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

niil

金虫 (正式写手)
★
zhsp07(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖交流！ 2013-04-27 14:34:19
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhsp07 at 2013-03-27 13:52:34
谢谢。直接去比对确实可以，不过刚才试了一下，剪切两边的序列时，看着很不好看，而且比对比较多的时候，粘贴新的序列的时候也挺麻烦的。...

那我建议你换个软件，比如DNAstar、vectorNTI，都可以做拼接。
换个软件换个心情哦！
赞一下(1人) 回复此楼
Stop fighting,let it flow.
4楼2013-03-27 15:52:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zylvws

新虫 (初入文坛)
内容已删除
回复此楼
5楼2013-07-04 09:33:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhsp07

金虫 (小有名气)
看峰图是用另外一个软件，ChromasLite，DNAman只能拼接，不能看图谱吧？
赞一下 回复此楼
车到山前必有路!
6楼2013-07-07 09:29:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zhsp07 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 311求调剂 +4 26研0 2026-03-15 4/200 2026-03-16 14:46 by 可淡不可忘
[考研] 本人考085602 化学工程 专硕 +9 不知道叫什么！ 2026-03-15 10/500 2026-03-16 10:04 by houyaoxu
[考研] 一志愿985，本科211，0817化学工程与技术319求调剂 +4 Liwangman 2026-03-15 4/200 2026-03-16 08:01 by wang_dand
[考研] 求老师收留调剂 +4 jiang姜66 2026-03-14 5/250 2026-03-15 20:11 by Winj1e
[考研] 288求调剂 +4 奇点0314 2026-03-14 4/200 2026-03-14 23:04 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工 323 英一+数二+物化，一志愿：哈工大 本人本科双一流 +4 自由的_飞翔 2026-03-13 5/250 2026-03-14 19:39 by hmn_wj
[考研] 环境调剂 +6 晓看天暮看云 2026-03-09 6/300 2026-03-14 01:16 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +3 是Lupa啊 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:30 by JourneyLucky
[考研] 0805，333求调剂 +3 112253525 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:42 by JourneyLucky
[考研] 材料工程调剂 +9 咪咪空空 2026-03-12 9/450 2026-03-13 22:05 by 星空星月
[考研] 285化工学硕求调剂（081700） +6 柴郡猫_ 2026-03-12 6/300 2026-03-13 20:46 by hmn_wj
[考研] 材料与化工085600调剂求老师收留 +9 jiaanl 2026-03-11 9/450 2026-03-13 20:22 by JourneyLucky
[考研] 一志愿211化学学硕310分求调剂 +8 努力奋斗112 2026-03-12 9/450 2026-03-13 15:41 by JourneyLucky
[考研] 085600材料与化工 309分请求调剂 +7 dtdxzxx 2026-03-12 8/400 2026-03-13 14:43 by jxchenghu
[考研] 材料301分求调剂 +5 Liyouyumairs 2026-03-12 5/250 2026-03-13 14:42 by JourneyLucky
[考研] 一志愿河海大学085900土木水利专硕279求调剂不挑专业 +4 SunWwWwWw 2026-03-10 8/400 2026-03-13 02:23 by SunWwWwWw
[考研] 341求调剂 +4 捣蛋猪猪 2026-03-11 4/200 2026-03-12 14:47 by ruiyingmiao
[考研] 研究生招生 +3 徐海涛11 2026-03-10 7/350 2026-03-12 14:26 by 徐海涛11
[考研] 085602化工求调剂 +7 董boxing 2026-03-10 7/350 2026-03-10 17:07 by BruceLiu320
[考研] 数二英二309分请求调剂 +3 dtdxzxx 2026-03-09 4/200 2026-03-09 19:56 by yuningshan
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭