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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 有什么软件可以把多个核苷酸序列翻译成氨基酸的序列
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yuxuewawa

新虫 (初入文坛)

[求助] 有什么软件可以把多个核苷酸序列翻译成氨基酸的序列已有1人参与

核苷酸序列由TXT和fasta两种格式，但是我有上千个序列，都分别放在不同的TXT中，怎么一次性把所有的核苷酸序列都翻译成氨基酸序列啊！
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yuxuewawa

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1楼2012-10-24 21:38:42
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

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★
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yuxuewawa: 金币+1 2012-10-28 14:35:46
你这种情况，最好是写个简单的perl程序，完成2个功能，1）读指定目录下的所有文件，2）对每个文件进行处理。小木虫有资源，搜下bioinformatics, perl就行了。
如果是少数几个文件的话，bioedit很好用
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2楼2012-10-25 07:32:48
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跑步的蜗牛

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
yuxuewawa: 金币+1, ★有帮助 2012-10-28 14:20:30
个人比较习惯使用mega，具体操作就是你先把不同序列以fasta格式黏贴至记事本，然后将记事本保存为fasta格式。然后再选择用mega打开。打开之后就有一个选项是将核酸序列翻译为蛋白质的。祝好运！
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10楼2012-10-26 16:05:51
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yuxuewawa

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2012-10-25 07:32:48
你这种情况，最好是写个简单的perl程序，完成2个功能，1）读指定目录下的所有文件，2）对每个文件进行处理。小木虫有资源，搜下bioinformatics, perl就行了。
如果是少数几个文件的话，bioedit很好用

不懂perl，只懂点matlab。有办法做吗？
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3楼2012-10-25 09:32:21
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zhangb

木虫 (小有名气)
下载一个primer,然后将你的序列导进去，然后选择里面的“protein"就可以啦。里面有三种翻译方式任你选
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4楼2012-10-25 10:18:19
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yuxuewawa

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhangb at 2012-10-25 10:18:19
下载一个primer,然后将你的序列导进去，然后选择里面的“protein"就可以啦。里面有三种翻译方式任你选

下了DNASTAR和DNAMAN这两个软件，但是都不太会用，试了一下就能一次分析一个序列。。。。
我试一下你说的这个方法，先感谢一下
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5楼2012-10-25 10:29:58
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yuxuewawa

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhangb at 2012-10-25 10:18:19
下载一个primer,然后将你的序列导进去，然后选择里面的“protein"就可以啦。里面有三种翻译方式任你选

能说的再清楚点不？我是新手。。。
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6楼2012-10-25 10:50:45
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tjuhsd

银虫 (小有名气)
试试MEGA
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7楼2012-10-25 16:48:29
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zhangb

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by yuxuewawa at 2012-10-25 10:50:45
能说的再清楚点不？我是新手。。。...

primer一次只能翻译一个完整的核苷酸序列，不能同时把不同文档中的序列翻译出来！惭愧，本人见识有限，至于同时翻译多个文档中的软件目前还不知道！至于DNAMAN倒可以同时导入N个文档中的序列，但序列要么是DNA，要么protein，貌似不能同时翻译多个文档中的DNA序列
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8楼2012-10-26 10:55:58
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风诺2010

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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yuxuewawa: 金币+1 2012-10-28 14:36:12
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9楼2012-10-26 15:42:46
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