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xp198766铁杆木虫 (著名写手)
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[交流]
【求助/交流】请问，有没有谁知道，如何从NCBI上批量下载一类gene的核苷酸序列？ 已有7人参与
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如题，我在NCBI上面搜索一个gene，得到一千多个结果，我想把这些结果的序列下载下来，可是，有些序列的ID号里面是基因组的ID号，就是说，我下载下来的是基因组序列，而我只想要里面相应基因的序列，NCBI里面搜索结果里，有对相关基因的定位，说是从哪个位点到哪个位点，有什么软件可以达到我的要求呢！ 请了解相关知识的高手解答下，不胜感激！ |
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xp198766
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scelab(金币+5):good 2010-07-20 23:46:52
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可以啊，你在NCBI里面有一个下拉列表框，里面可以选基因的，还可以用关键词搜基因呢，例如，用nitrogen搜索gene，可以找到与氮相关的基因，等等 例如这个是脂肪酶相关的基因 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term=Lipase [ Last edited by xp198766 on 2010-7-20 at 21:07 ] |
7楼2010-07-20 21:05:52
reasonspare
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看天(金币+3):不会是斑竹自己写的吧？呵呵... 2010-07-21 09:09:21
xp198766(金币+10):谢谢您给我这么多的信息！谢谢，对我帮助很大，谢谢！我会认真看的 2010-07-23 15:52:53
看天(金币+3):不会是斑竹自己写的吧？呵呵... 2010-07-21 09:09:21
xp198766(金币+10):谢谢您给我这么多的信息！谢谢，对我帮助很大，谢谢！我会认真看的 2010-07-23 15:52:53
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上面这个两个问题，如果大家稍微分析一下，其实很简单，就是批量下载， 哈哈，我经常批量下个大数据库的海量数据，也就是3-10G 左右，关键是如何确定你要的信息。 笨方法：ＭＥＧＡ 软件，你可以直接将你的基因通过该软件进行blast，然后手工选择下载每一个基因。 如果你稍微懂一点perl, 那么就非常容易了：下面一个关于蛋白序列批量下载的例子： 已经批量下载了带有注释的Genbank文件，大概有500M，每条信息中的内容既包含蛋白序列也包含核酸序列，使用SeqVerter 等软件只能导出核酸序列的的fasta文件。 现在想把其中的氨基酸序列也批量导出来，园子里倒是查到有高手编的perl模块可以实现这样的功能，但是我对编程语言一窍不通，linux也不会用，不知有什么现成的windows软件可以直接导出蛋白序列的fasta文件。以前写的，试试，在windows的doc下应该也差不多， #! /usr/local/bin/perl # name: gb2pep.pl # genbank input to pep sequences. # Vi.n. #usage: cat yourfile|perl gb2pep.pl # 2006-5-16. use strict; use warnings; my $pep_tag = 0; my $pep = ''; my $name = ''; my $name_tag = 0; while ( $name = $1 if /^LOCUS\s+(\S+)\s+/; $name_tag = 1 && $name.= $1 if /^DEFINITION(.*)/; $name_tag = 0 if /^ACCESSION\s+/; $name.= " $1" if /^\s{12}(.*)/ && $name_tag; $pep_tag = 1 && $pep = $1 if /^\s{21}\/translation="(\w+)/; $pep.=$1 if /^\s{21}(\w+)/ && $pep_tag; if (/^\s{21}\w+"$/ && $pep_tag) { print ">$name\n"; for (my $i = 0; $i*60 <= length $pep; $i++) { print substr($pep, $i*60, 60), "\n"; } $pep_tag = 0; } } 能编译成在windows下使用的程序吗?得益于高手“等天光的硬币”指点，实现在windows下从genbank数据包中轻松导出fasta格式的蛋白序列，非常感谢“等天光的硬币”的热心帮助！ 写下这一过程与新手共享。（呵呵，未经“等天光的硬币”允许，不知会不会侵犯知识产权......） 开始： 1. 安装ActivePerl（perl for windows版本） http://downloads.activestate.com ... in32-x86-287188.msi 2. 把以下横线之间的字符粘贴到记事本中，“另存为”并选择保存类型为“所有文件”，命名为gb2pep.pl，放到一个目录下（比如C:\） ______________________________________________________________________ # 2006-5-16. use strict; use warnings; my $pep_tag = 0; my $pep = ''; my $name = ''; my $name_tag = 0; open(IN,$ARGV[0]); while ( $name = $1 if /^LOCUS\s+(\S+)\s+/; $name_tag = 1 && $name.= $1 if /^DEFINITION(.*)/; $name_tag = 0 if /^ACCESSION\s+/; $name.= " $1" if /^\s{12}(.*)/ && $name_tag; $pep_tag = 1 && $pep = $1 if /^\s{21}\/translation="(\w+)/; $pep.=$1 if /^\s{21}(\w+)/ && $pep_tag; if (/^\s{21}\w+"$/ && $pep_tag) { print ">$name\n"; for (my $i = 0; $i*60 <= length $pep; $i++) { print substr($pep, $i*60, 60), "\n"; } $pep_tag = 0; } } ______________________________________________________________________ 3. 将genbank文件（比如demo-genbank.gb）也拷贝到和gb2pep.pl相同的文件夹，比如C:\ 4. 点击windows桌面工具栏“开始”——“运行”——“cmd”进入dos命令窗口，此时文件夹位置一般处于C:\Documents and Settings\当前用户名> 5. 键入"cd\" 回到C盘根目录。输入命令行：perl gb2pep.pl demo-genbank.gb >demo_out.fasta 回车。 6.等一会儿就会在C盘根目录下出现名为 demo_out.fasta的文件，这就是我们处理得到的结果。 使用perl模块处理文本文件十分高效，我下载的一个genbank文件包有五百多兆，使用这个perl模块处理，只要几分钟的时间就得到了fasta格式的序列了，而且几乎不占什么系统资源。谢谢啦~上面的都不好。 用emboss包，基本的seqret操作： seqret -sequence a.gb -outseq a.fasta -osformat fasta 融合序列可以用cat指令： cat *.gb >a.gb 详情请google EMBOSS如果用perl脚本，最好用bioperl直接搞。 use strict; use Bio::SeqIO; my $file_in = shift; my $file_out = shift; my $IN = Bio::SeqIO->new(-file=>$file_in); my $OUT = Bio::SeqIO->new(-file=>">$file_out",-format=>'fasta'); while (my $obj = $IN->next_seq) { $OUT->write_seq($obj); } $IN->close; $OUT->close; |
9楼2010-07-21 04:58:58
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