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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~!

[交流] 【求助/交流】请问,有没有谁知道,如何从NCBI上批量下载一类gene的核苷酸序列? 已有7人参与

如题,我在NCBI上面搜索一个gene,得到一千多个结果,我想把这些结果的序列下载下来,可是,有些序列的ID号里面是基因组的ID号,就是说,我下载下来的是基因组序列,而我只想要里面相应基因的序列,NCBI里面搜索结果里,有对相关基因的定位,说是从哪个位点到哪个位点,有什么软件可以达到我的要求呢!

请了解相关知识的高手解答下,不胜感激!
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~!

引用回帖:
Originally posted by reasonspare at 2010-07-21 04:58:58:
上面这个两个问题,如果大家稍微分析一下,其实很简单,就是批量下载,
哈哈,我经常批量下个大数据库的海量数据,也就是3-10G 左右,关键是如何确定你要的信息。
笨方法:MEGA 软件,你可以直接将你的基因 ...

真是的非常感谢非常感谢!

我现在用NCBI里面的NCBI eUtils可以得到相关的ID号,找序列还是比较麻烦,谢谢你的指点!
10楼2010-07-21 11:30:24
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hihoney

铁杆木虫 (职业作家)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
Are you mad?

做蓝藻分类也不需要这样啊。
2楼2010-07-20 14:05:42
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~!

引用回帖:
Originally posted by hihoney at 2010-07-20 14:05:42:
Are you mad?

做蓝藻分类也不需要这样啊。

最近老板想让我做些生物信息学的东西,关于蓝藻的……我知道NCBI上面有个工具,NCBI eUtils,但是我现在还没有弄懂,希望 高手予以解答!
3楼2010-07-20 16:48:29
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姜大磊

木虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2010-07-20 11:51:39:
如题,我在NCBI上面搜索一个gene,得到一千多个结果,我想把这些结果的序列下载下来,可是,有些序列的ID号里面是基因组的ID号,就是说,我下载下来的是基因组序列,而我只想要里面相应基因的序列,NCBI里面搜索结 ...

非常感谢楼主这么有价值的问题。 偶也想借助宝地顺便问一下怎么样使用NCBI查找已经明确的基因序列啊?谢谢!
Nevergiveup,neverslowdown;Nevergrowold,nevereverdieyoung......
4楼2010-07-20 20:28:27
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