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yuxuewawa

新虫 (初入文坛)

[求助] 有什么软件可以把多个核苷酸序列翻译成氨基酸的序列 已有1人参与

核苷酸序列由TXT和fasta两种格式,但是我有上千个序列,都分别放在不同的TXT中,怎么一次性把所有的核苷酸序列都翻译成氨基酸序列啊!
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

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yuxuewawa: 金币+1 2012-10-28 14:35:46
你这种情况,最好是写个简单的perl程序,完成2个功能,1)读指定目录下的所有文件,2)对每个文件进行处理。小木虫有资源,搜下bioinformatics, perl就行了。
如果是少数几个文件的话,bioedit很好用
2楼2012-10-25 07:32:48
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跑步的蜗牛

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【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
yuxuewawa: 金币+1, 有帮助 2012-10-28 14:20:30
个人比较习惯使用mega,具体操作就是你先把不同序列以fasta格式黏贴至记事本,然后将记事本保存为fasta格式。然后再选择用mega打开。打开之后就有一个选项是将核酸序列翻译为蛋白质的。祝好运!
10楼2012-10-26 16:05:51
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普通回帖

yuxuewawa

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2012-10-25 07:32:48
你这种情况,最好是写个简单的perl程序,完成2个功能,1)读指定目录下的所有文件,2)对每个文件进行处理。小木虫有资源,搜下bioinformatics, perl就行了。
如果是少数几个文件的话,bioedit很好用

不懂perl,只懂点matlab。有办法做吗?
3楼2012-10-25 09:32:21
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zhangb

木虫 (小有名气)

下载一个primer,然后将你的序列导进去,然后选择里面的“protein"就可以啦。里面有三种翻译方式任你选
4楼2012-10-25 10:18:19
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yuxuewawa

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zhangb at 2012-10-25 10:18:19
下载一个primer,然后将你的序列导进去,然后选择里面的“protein"就可以啦。里面有三种翻译方式任你选

下了DNASTAR和DNAMAN这两个软件,但是都不太会用,试了一下就能一次分析一个序列。。。。
我试一下你说的这个方法,先感谢一下
5楼2012-10-25 10:29:58
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yuxuewawa

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zhangb at 2012-10-25 10:18:19
下载一个primer,然后将你的序列导进去,然后选择里面的“protein"就可以啦。里面有三种翻译方式任你选

能说的再清楚点不?我是新手。。。
6楼2012-10-25 10:50:45
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tjuhsd

银虫 (小有名气)

试试MEGA
7楼2012-10-25 16:48:29
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zhangb

木虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by yuxuewawa at 2012-10-25 10:50:45
能说的再清楚点不?我是新手。。。...

primer一次只能翻译一个完整的核苷酸序列,不能同时把不同文档中的序列翻译出来!惭愧,本人见识有限,至于同时翻译多个文档中的软件目前还不知道!至于DNAMAN倒可以同时导入N个文档中的序列,但序列要么是DNA,要么protein,貌似不能同时翻译多个文档中的DNA序列
8楼2012-10-26 10:55:58
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风诺2010

铜虫 (小有名气)

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感谢参与,应助指数 +1
yuxuewawa: 金币+1 2012-10-28 14:36:12
立顶 Vector NTI 11
9楼2012-10-26 15:42:46
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