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zhsp07

金虫 (小有名气)

[求助] DNAMAN拼接序列如何保存为线性序列？

华大测序的16S 未给拼接，只好自己拼接了，实验室里一直用DNAMAN拼接的，不过拼出来的序列导出后却没法直接拿去blast，是这样的，
GCCCAGGCGCTCATAAGGGGCATGATGAATGATGATTTGACGTCAT          300 TTTGTCACCGGCAGTCACCTTAGAGTGCCCAACTGAATGCTGGCAA          360
AAGATCAAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGA      420
还得手动删除后面的数字，有没有哪位大侠知道如何让导出的序列是连续的？
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车到山前必有路!
1楼 2013-03-27 11:17:42
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niil

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhsp07(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助！ 2013-04-27 14:34:04
zhsp07: 金币+1 2013-08-27 08:18:39
带数字的序列是不影响blast的。直接拷到blast界面的序列窗口就可以了。数字会被忽略掉。
如果非要去掉数字的话，你输出的seq文件用DNAstar里的editseq 程序打开就可以了。我不太清楚DNAman里面是否有格式序列的功能能实现你的想法。
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Stop fighting,let it flow.
2楼2013-03-27 12:09:05
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zhsp07

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by niil at 2013-03-27 12:09:05
带数字的序列是不影响blast的。直接拷到blast界面的序列窗口就可以了。数字会被忽略掉。
如果非要去掉数字的话，你输出的seq文件用DNAstar里的editseq 程序打开就可以了。我不太清楚DNAman里面是否有格式序列的功能 ...

谢谢。直接去比对确实可以，不过刚才试了一下，剪切两边的序列时，看着很不好看，而且比对比较多的时候，粘贴新的序列的时候也挺麻烦的。
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车到山前必有路!
3楼2013-03-27 13:52:34
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niil

金虫 (正式写手)
★
zhsp07(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖交流！ 2013-04-27 14:34:19
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhsp07 at 2013-03-27 13:52:34
谢谢。直接去比对确实可以，不过刚才试了一下，剪切两边的序列时，看着很不好看，而且比对比较多的时候，粘贴新的序列的时候也挺麻烦的。...

那我建议你换个软件，比如DNAstar、vectorNTI，都可以做拼接。
换个软件换个心情哦！
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Stop fighting,let it flow.
4楼2013-03-27 15:52:57
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zylvws

新虫 (初入文坛)
内容已删除
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5楼2013-07-04 09:33:09
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zhsp07

金虫 (小有名气)
看峰图是用另外一个软件，ChromasLite，DNAman只能拼接，不能看图谱吧？
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车到山前必有路!
6楼2013-07-07 09:29:42
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