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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 我扩了某个物种的某个基因，测序结果比对后，我惊呆了
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低嗨

铁虫 (小有名气)

[求助] 我扩了某个物种的某个基因，测序结果比对后，我惊呆了已有5人参与

这个序列和我参考的另个物种的该基因序列只差一个碱基。
这种情况正常吗？
这个基因相对来说还是比较保守的，在所在目中，同源性比较高，但是没想到只差一个碱基。
那我能在Genebank中注册这个序列吗？
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1楼2014-02-10 20:47:05
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visionary7

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2014-02-11 15:17:15
测序存在多大的误差率呢？需不需要再次验证呢

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2楼2014-02-10 20:57:05
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Lau_Kimura

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
低嗨(kx444555代发): 金币+2, 鼓励交流 2014-02-11 15:17:20
低嗨: 金币+1 2014-02-12 14:20:59
上Chromas测序峰图，有图有真相！——如果是连续相同碱基，误读多一个碱基是常见的事。当然，InDel也不罕见。
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3楼2014-02-10 21:01:31
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machao8405

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
小伙伴们都惊呆了 ，你双向都测一下，然后在看
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4楼2014-02-10 22:00:47
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baihaer

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+4, 鼓励交流 2014-02-11 15:17:27
低嗨: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-02-12 14:20:31
你这个只差一个碱基，是说跟参考序列比只有一个碱基发生变化还是你比参考序列多或少了一个碱基？如果是前者我觉得可能就是参考序列发生点突变，你再看一下含此碱基的三联框中表达的是否是同一个蛋白。如果是后者的话，多或少一个碱基很容易就发生frame shift，导致你的片段表达出的蛋白跟想要的风马牛不相及，所以你最好重新扩一下。
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没有SB的事，只有SB的人
5楼2014-02-11 09:27:46
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boysil

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2014-02-11 15:17:31
反复做多几次实验吧，样品、试剂都用新的、、、
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6楼2014-02-11 10:43:21
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低嗨

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by visionary7 at 2014-02-10 20:57:05
测序存在多大的误差率呢？需不需要再次验证呢

我的序列九百左右，有点误差也很小

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7楼2014-02-11 14:49:35
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低嗨

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by Lau_Kimura at 2014-02-10 21:01:31
上Chromas测序峰图，有图有真相！——如果是连续相同碱基，误读多一个碱基是常见的事。当然，InDel也不罕见。

不是数量差一个，而是序列翻译区只有一个碱基不同。

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8楼2014-02-11 14:51:42
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低嗨

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by baihaer at 2014-02-11 09:27:46
你这个只差一个碱基，是说跟参考序列比只有一个碱基发生变化还是你比参考序列多或少了一个碱基？如果是前者我觉得可能就是参考序列发生点突变，你再看一下含此碱基的三联框中表达的是否是同一个蛋白。如果是后者的话 ...

是前者。。我测的是双向，拼接后的序列和参考序列只有只有一个碱基被替换了。另一个样品测序的结果更离谱，和参考序列完全相同，一个不差。

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9楼2014-02-11 14:54:30
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低嗨

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by boysil at 2014-02-11 10:43:21
反复做多几次实验吧，样品、试剂都用新的、、、

测了两个样品。一个序列同参考序列相比只有一个碱基被替换了，另一个完全相同。

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10楼2014-02-11 14:55:54
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