24小时热门版块排行榜    

查看: 2046  |  回复: 7

101wenjing

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】基于16SrDNA测序结果与标准菌株库中的菌株比对结果初步确定新种属的问题 已有5人参与

用16SrDNA测序结果与NCBI中标准菌株库比对,可以获得其相似性结果,如果相似性都较高98%以上,然后通过进化树分析就可以基本确定种属。相似性低于百分之多少可以初步认为是新种啊?相似性低于百分之多少可以初步认为是新属啊?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fykxy_206

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
这个有标准吗?
2楼2010-08-18 11:10:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

girlfisher

金虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
看天(金币+1):鼓励交流 2010-08-18 12:15:17
我的经验是97以下有可能新种,95以下可能是新属,总之越低越值得做。

但是前提是你序列的27F和1492R都要能找到,也就是必须用克隆测序。
3楼2010-08-18 11:38:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jndxmmc

新虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
reasonspare(金币+2):谢谢分享。 2010-08-25 11:44:30
不能简单通过16s RDNA就确定新属吧
16s进化的相对保守 grbB相对快一些
4楼2010-08-25 09:50:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~!

那用ITS?
5楼2010-08-25 11:33:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

一一8778

铜虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
我对这个问题也很感兴趣,我做的细菌单向测序后,在ncbi上blast,有几个菌种的相似性在94%,我想知道这是不是意味着这是个新东西呢?
6楼2010-08-27 10:03:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~!


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by 一一8778 at 2010-08-27 10:03:04:

你做的是什么基因呢,单向多长片断啊?测序的峰图清晰吗?
7楼2010-08-27 13:46:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

一一8778

铜虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
单向一千多点吧
8楼2010-08-28 12:26:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 101wenjing 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 基金中了 +6 laoda193707 2026-08-06 6/300 2026-08-06 23:34 by dragonxp
[基金申请] 听说今天filecode变了 +17 布布和一二 2026-08-06 31/1550 2026-08-06 22:34 by qusibaya
[基金申请] filecode +10 等待解的谜 2026-08-06 14/700 2026-08-06 21:16 by zhanghaozhu
[基金申请] 固定端突然变了,今天 +3 archvillain 2026-08-06 7/350 2026-08-06 21:05 by archvillain
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 大家散了吧,后缀研究没有意义,别浪费时间了,过好目前的每一天,不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 6/300 2026-08-06 20:19 by 苏知砚
[有机交流] 一个有机合成实验室都需要哪些设备? 50+3 kf2781974 2026-07-31 12/600 2026-08-06 15:11 by eddyin
[基金申请] 求各位大神看下 100+6 hpkpkpkp 2026-08-05 33/1650 2026-08-06 14:49 by zhiyanjiang
[教师之家] 咨询面上基金 +4 李长云 2026-07-31 7/350 2026-08-06 11:20 by 李长云
[基金申请] 影响面上的因素 +8 布布和一二 2026-08-05 11/550 2026-08-06 10:41 by 宝贝虫子
[基金申请] 8月时间戳变的,举个手。玩一下,释放压力 +9 archvillain 2026-08-04 11/550 2026-08-05 20:06 by wlwhappy
[基金申请] 面上再次挂了,太难了,躺也躺不了,倦也卷不过,小学校之殇! +22 低垂的野花 2026-07-31 30/1500 2026-08-05 18:03 by 低垂的野花
[基金申请] 好消息?这个有何含义??? +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
[考博] 【2027博士申请】纳米药物递送方向 20+3 13586093586 2026-08-03 4/200 2026-08-05 09:59 by lfy8008
[基金申请] 有没有H口的?有收到消息的吗? +3 超级海虾 2026-08-04 3/150 2026-08-04 17:26 by 学教育滴
[论文投稿] 十年后又回来了,论文投稿求助 +3 哈哈114477 2026-08-01 3/150 2026-08-04 15:40 by tegsgjy20
[基金申请] 纯娱乐,不喜欢勿喷 +7 Tide man 2026-08-04 10/500 2026-08-04 15:10 by loufangrui
[基金申请] 面上提前没消息,有中的吗 +14 archvillain 2026-08-02 18/900 2026-08-04 14:42 by archvillain
[基金申请] 娱乐 +4 Tide man 2026-08-03 4/200 2026-08-04 11:51 by wgch518
[基金申请] 什么时候能放榜呀? +3 Jacob678 2026-08-03 3/150 2026-08-03 16:14 by gltch
信息提示
请填处理意见