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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】基于16SrDNA测序结果与标准菌株库中的菌株比对结果初步确定新种属的问题
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101wenjing

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】基于16SrDNA测序结果与标准菌株库中的菌株比对结果初步确定新种属的问题 已有5人参与

用16SrDNA测序结果与NCBI中标准菌株库比对，可以获得其相似性结果，如果相似性都较高98%以上，然后通过进化树分析就可以基本确定种属。相似性低于百分之多少可以初步认为是新种啊？相似性低于百分之多少可以初步认为是新属啊？
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1楼 2010-08-18 10:35:03
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fykxy_206

木虫 (正式写手)
★
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这个有标准吗？
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2楼2010-08-18 11:10:38
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girlfisher

金虫 (小有名气)
★ ★
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看天(金币+1):鼓励交流 2010-08-18 12:15:17
我的经验是97以下有可能新种，95以下可能是新属，总之越低越值得做。

但是前提是你序列的27F和1492R都要能找到，也就是必须用克隆测序。
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3楼2010-08-18 11:38:52
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jndxmmc

新虫 (小有名气)
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reasonspare(金币+2):谢谢分享。 2010-08-25 11:44:30
不能简单通过16s RDNA就确定新属吧
16s进化的相对保守 grbB相对快一些
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4楼2010-08-25 09:50:11
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
那用ITS？
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5楼2010-08-25 11:33:39
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一一8778

铜虫 (小有名气)
★
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我对这个问题也很感兴趣，我做的细菌单向测序后，在ncbi上blast，有几个菌种的相似性在94%，我想知道这是不是意味着这是个新东西呢？
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6楼2010-08-27 10:03:04
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
★
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引用回帖:
Originally posted by 一一8778 at 2010-08-27 10:03:04:

你做的是什么基因呢，单向多长片断啊？测序的峰图清晰吗？
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7楼2010-08-27 13:46:11
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一一8778

铜虫 (小有名气)
★
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单向一千多点吧
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8楼2010-08-28 12:26:15
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