应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 动植物 » 综合其他 » 序列比对不上？怎么办？
81/1返回列表
查看: 1621  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

huaerfeng

铁虫 (小有名气)

[求助] 序列比对不上？怎么办？

各位大侠，我做低等动物生殖相关蛋白的研究，现在用小鼠中的抗体已经在我们的组织中杂交到了目的条带，说明我们所研究的组织中存在这种和小鼠中类似的蛋白，我们实验室之前也建立过核算库和蛋白库，但是库里的可能相关的序列我在NCBI里面balstx中比对，比对结果里根本没有我所用抗体对应的蛋白，我下一步该怎么办啊？如何确定这种western出来的蛋白？
    希望有高人指点啊！急！
    万分感谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
科研苦啊
1楼 2012-05-29 15:19:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jhu132llh

荣誉版主 (知名作家)

大洪

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
既然能用抗体的western杂交到目的条带那就好说了
首先，最有可能的是就是这个蛋白了
至少也是保守的这个蛋白家族
这样的话有可能是你们库里头的数据出错或者数据不全
若不是这个蛋白
就复杂多了
咨询抗体公司
查询抗体的抗原抗体结合域
然后查询结合域对应的抗原蛋白序列
再根据这个再蛋白数据库中检索可能蛋白，逐一排除
再次，也有可能是假阳性
赞一下(1人) 回复此楼
青春的岁月，我们身不由己，只因这胸中燃烧的梦想！
2楼2012-05-29 19:06:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huaerfeng

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jhu132llh at 2012-05-29 19:06:13
既然能用抗体的western杂交到目的条带那就好说了
首先，最有可能的是就是这个蛋白了
至少也是保守的这个蛋白家族
这样的话有可能是你们库里头的数据出错或者数据不全
若不是这个蛋白
就复杂多了
咨询抗体公司 ...

非常感谢楼上高人的指点，是这样的，我们是研究低等动物的，针对低等动物的抗体并不多，我用的这个抗体石求助中科院实验室的，人家赠予的，是多克隆抗体。至于假阳性，我不太明白这个怎么去判断，我做的时候同时做了了五个平行样，明显的条带都是只有那这一条，应该不是假阳性吧？
   因为我对基因不太在行，现在想的能不能割条带去测序？或者有没有更好的办法？期待能得到您的建议！万分感谢！
赞一下 回复此楼
科研苦啊
3楼2012-05-30 09:56:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huaerfeng

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jhu132llh at 2012-05-29 19:06:13
既然能用抗体的western杂交到目的条带那就好说了
首先，最有可能的是就是这个蛋白了
至少也是保守的这个蛋白家族
这样的话有可能是你们库里头的数据出错或者数据不全
若不是这个蛋白
就复杂多了
咨询抗体公司 ...

您好，弱弱的问一句，抗原抗体结合域是如何确定呢？制备此抗体的文献中是这样写的：An 1161-base-pair cDNA fragment of HongrES1 correspond-ing the mature HongrES1 peptide of 387 (from 29 aa to the end)
amino acids was inserted into a modified PET-28(a) vector (Invitrogen).
      那抗体的结合域是不是就是插入的这段氨基酸位点呢？
赞一下 回复此楼
科研苦啊
4楼2012-05-30 10:49:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jhu132llh

荣誉版主 (知名作家)

大洪

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by huaerfeng at 2012-05-30 09:56:02
非常感谢楼上高人的指点，是这样的，我们是研究低等动物的，针对低等动物的抗体并不多，我用的这个抗体石求助中科院实验室的，人家赠予的，是多克隆抗体。至于假阳性，我不太明白这个怎么去判断，我做的时候同时做 ...

收集条带测序也可以
只是
回收的片段应该是蛋白把
蛋白测序有难度吧
赞一下 回复此楼
青春的岁月，我们身不由己，只因这胸中燃烧的梦想！
5楼2012-05-30 21:35:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jhu132llh

荣誉版主 (知名作家)

大洪

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by huaerfeng at 2012-05-30 10:49:28
您好，弱弱的问一句，抗原抗体结合域是如何确定呢？制备此抗体的文献中是这样写的：An 1161-base-pair cDNA fragment of HongrES1 correspond-ing the mature HongrES1 peptide of 387 (from 29 aa to the end)
a ...

应该就是这段序列
从第29个AA到末端
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

huaerfeng
青春的岁月，我们身不由己，只因这胸中燃烧的梦想！
6楼2012-05-30 21:37:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huaerfeng

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jhu132llh at 2012-05-30 21:35:16
收集条带测序也可以
只是
回收的片段应该是蛋白把
蛋白测序有难度吧...

恩，蛋白测序测就是打质谱了，打出来的都是片段，我再想想办法吧，无奈啊，谢谢你提供的帮助，非常感谢
赞一下 回复此楼
科研苦啊
7楼2012-05-31 09:25:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huaerfeng

铁虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by jhu132llh at 2012-05-30 21:37:41
应该就是这段序列
从第29个AA到末端...

那我试着比对一下吧，做实验的纠结啊！
赞一下 回复此楼
科研苦啊
8楼2012-05-31 09:26:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 huaerfeng 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 283求调剂 +8 小楼。 2026-03-12 11/550 2026-03-16 09:46 by 无际的草原
[考研] 321求调剂 +4 大米饭！ 2026-03-15 4/200 2026-03-16 08:41 by Linda Hu
[考研] 梁成伟老师课题组欢迎你的加入 +6 一鸭鸭哟 2026-03-14 7/350 2026-03-15 22:12 by Winj1e
[考研] 材料工程专硕274一志愿211求调剂 +5 薛云鹏 2026-03-15 5/250 2026-03-15 20:38 by Logic2024
[考研] 材料工程327求调剂 +3 xiaohe12w 2026-03-11 3/150 2026-03-14 20:20 by ms629
[考研] 330求调剂 +3 ?酱给调剂跪了 2026-03-13 3/150 2026-03-14 10:13 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工 一志愿山大 321分 求调剂 +7 每天散步 2026-03-09 8/400 2026-03-14 02:18 by JourneyLucky
[考研] 一志愿浙江大学0856材料与化工求调剂 +4 yansheng@211 2026-03-09 5/250 2026-03-14 02:10 by JourneyLucky
[考研] 求调剂！ +4 朔朔话 2026-03-09 4/200 2026-03-14 01:38 by JourneyLucky
[考研] 考研材料与化工，求调剂 +8 戏精丹丹丹 2026-03-09 8/400 2026-03-14 01:14 by JourneyLucky
[考研] b区环境工程求调剂 +4 Maps1 2026-03-10 6/300 2026-03-14 00:23 by JourneyLucky
[考研] 2026考研调剂+本科延边大学+山东大学+生物化学与分子生物学+有项目经验 +3 ccdsscjy 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:12 by JourneyLucky
[考研] 材料工程,326分，求调剂 +6 KRSLSR 2026-03-10 6/300 2026-03-13 23:47 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +6 Mochaaaa 2026-03-12 7/350 2026-03-13 22:18 by 星空星月
[考研] 308求调剂 +5 是Lupa啊 2026-03-11 5/250 2026-03-13 22:13 by JourneyLucky
[考研] 考研调剂 +4 芬达46 2026-03-12 4/200 2026-03-13 16:04 by ruiyingmiao
[考研] 285求调剂 +4 ytter 2026-03-12 4/200 2026-03-13 14:48 by jxchenghu
[考研] 308求调剂 +3 是Lupa啊 2026-03-12 3/150 2026-03-13 14:30 by 求调剂zz
[考研] 一志愿华中师范071000，325求调剂 +5 RuitingC 2026-03-12 5/250 2026-03-13 10:43 by hyswxzs
[考研] 279求调剂 +3 莫xiao 2026-03-10 4/200 2026-03-11 08:06 by 斩魂滴兔子！
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭