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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 动植物 » 综合其他 » 序列比对不上？怎么办？
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huaerfeng

铁虫 (小有名气)

[求助] 序列比对不上？怎么办？

各位大侠，我做低等动物生殖相关蛋白的研究，现在用小鼠中的抗体已经在我们的组织中杂交到了目的条带，说明我们所研究的组织中存在这种和小鼠中类似的蛋白，我们实验室之前也建立过核算库和蛋白库，但是库里的可能相关的序列我在NCBI里面balstx中比对，比对结果里根本没有我所用抗体对应的蛋白，我下一步该怎么办啊？如何确定这种western出来的蛋白？
    希望有高人指点啊！急！
    万分感谢！
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科研苦啊
1楼 2012-05-29 15:19:22
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jhu132llh

荣誉版主 (知名作家)

大洪

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
既然能用抗体的western杂交到目的条带那就好说了
首先，最有可能的是就是这个蛋白了
至少也是保守的这个蛋白家族
这样的话有可能是你们库里头的数据出错或者数据不全
若不是这个蛋白
就复杂多了
咨询抗体公司
查询抗体的抗原抗体结合域
然后查询结合域对应的抗原蛋白序列
再根据这个再蛋白数据库中检索可能蛋白，逐一排除
再次，也有可能是假阳性
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青春的岁月，我们身不由己，只因这胸中燃烧的梦想！
2楼2012-05-29 19:06:13
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huaerfeng

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jhu132llh at 2012-05-29 19:06:13
既然能用抗体的western杂交到目的条带那就好说了
首先，最有可能的是就是这个蛋白了
至少也是保守的这个蛋白家族
这样的话有可能是你们库里头的数据出错或者数据不全
若不是这个蛋白
就复杂多了
咨询抗体公司 ...

非常感谢楼上高人的指点，是这样的，我们是研究低等动物的，针对低等动物的抗体并不多，我用的这个抗体石求助中科院实验室的，人家赠予的，是多克隆抗体。至于假阳性，我不太明白这个怎么去判断，我做的时候同时做了了五个平行样，明显的条带都是只有那这一条，应该不是假阳性吧？
   因为我对基因不太在行，现在想的能不能割条带去测序？或者有没有更好的办法？期待能得到您的建议！万分感谢！
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科研苦啊
3楼2012-05-30 09:56:02
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huaerfeng

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jhu132llh at 2012-05-29 19:06:13
既然能用抗体的western杂交到目的条带那就好说了
首先，最有可能的是就是这个蛋白了
至少也是保守的这个蛋白家族
这样的话有可能是你们库里头的数据出错或者数据不全
若不是这个蛋白
就复杂多了
咨询抗体公司 ...

您好，弱弱的问一句，抗原抗体结合域是如何确定呢？制备此抗体的文献中是这样写的：An 1161-base-pair cDNA fragment of HongrES1 correspond-ing the mature HongrES1 peptide of 387 (from 29 aa to the end)
amino acids was inserted into a modified PET-28(a) vector (Invitrogen).
      那抗体的结合域是不是就是插入的这段氨基酸位点呢？
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科研苦啊
4楼2012-05-30 10:49:28
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jhu132llh

荣誉版主 (知名作家)

大洪

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by huaerfeng at 2012-05-30 09:56:02
非常感谢楼上高人的指点，是这样的，我们是研究低等动物的，针对低等动物的抗体并不多，我用的这个抗体石求助中科院实验室的，人家赠予的，是多克隆抗体。至于假阳性，我不太明白这个怎么去判断，我做的时候同时做 ...

收集条带测序也可以
只是
回收的片段应该是蛋白把
蛋白测序有难度吧
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青春的岁月，我们身不由己，只因这胸中燃烧的梦想！
5楼2012-05-30 21:35:16
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jhu132llh

荣誉版主 (知名作家)

大洪

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by huaerfeng at 2012-05-30 10:49:28
您好，弱弱的问一句，抗原抗体结合域是如何确定呢？制备此抗体的文献中是这样写的：An 1161-base-pair cDNA fragment of HongrES1 correspond-ing the mature HongrES1 peptide of 387 (from 29 aa to the end)
a ...

应该就是这段序列
从第29个AA到末端
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huaerfeng
青春的岁月，我们身不由己，只因这胸中燃烧的梦想！
6楼2012-05-30 21:37:41
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huaerfeng

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jhu132llh at 2012-05-30 21:35:16
收集条带测序也可以
只是
回收的片段应该是蛋白把
蛋白测序有难度吧...

恩，蛋白测序测就是打质谱了，打出来的都是片段，我再想想办法吧，无奈啊，谢谢你提供的帮助，非常感谢
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科研苦啊
7楼2012-05-31 09:25:05
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huaerfeng

铁虫 (小有名气)
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引用回帖:
6楼: Originally posted by jhu132llh at 2012-05-30 21:37:41
应该就是这段序列
从第29个AA到末端...

那我试着比对一下吧，做实验的纠结啊！
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科研苦啊
8楼2012-05-31 09:26:29
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