| 查看: 1663 | 回复: 6 | |||
[交流]
【求助/交流】关于基因序列比对
|
|
我得到一个未知基因的序列（用高保真酶P的），在DNAMAN上比对，与最相近的一个已知序列的相似度为83%，可是蛋白序列（根据ncbi比对选择的frame）的相似度只有百分之三十几。肯定蛋白的相似度应该比核酸高啊。。。 序列在NCBI上blast，也分成几段，得到里面几个片段的分别的相似度，而不是从头到尾就给出一个相似度。 我很疑惑，怎么会这样呢？是测序的问题导致发生移码了吗？ 请高手指教，谢谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
为呼吸打开通道：依伐卡托的科学之旅
已经有1人回复
-
Dordaviprone（ONC201）：小分子药物在中线胶质瘤中的应用
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有217人回复
-
依喜替康：新型喜树碱衍生物的研究进展
已经有1人回复
-
膀胱癌靶向治疗新选择：厄达替尼作用机制与耐药研究进展
已经有0人回复
-
从水母到实验室：腔肠素的发现历程与生物发光奥秘
已经有1人回复
-
线粒体氧化磷酸化的新靶点：S-Gboxin的发现与研究进展
已经有0人回复
-
PROTAC药物开发选择VHL配体：MDK-7526以87%出口向量占有率成首选
已经有0人回复
-
MCC950：NLRP3炎症小体特异性抑制剂的科研应用与前景
已经有0人回复
-
康替唑胺研发17年：如何解决多重耐药菌感染难题
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 怎样根据下列条件在NCBI上搜索到基因序列的全长
已经有4人回复
- DNA条形码能用来分析种内的遗传变异、遗传多样性吗？
已经有11人回复
- 基于氨基酸的系统发育树的构建
已经有6人回复
- 【求助/交流】PCR产物测序总是不对
已经有13人回复
- 【求助/交流】如何做多个DNA序列的蛋白质序列的比对?
已经有9人回复
- 【求助/交流】关于基因克隆写文章的问题
已经有9人回复
- 【求助/交流】关于序列的MAF和BED格式
已经有5人回复
- 【求助/交流】请问，有没有谁知道，如何从NCBI上批量下载一类gene的核苷酸序列？
已经有13人回复
- 【求助/交流】关于ncbi上比对结果的问题
已经有6人回复
yixuanwin
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 22 (小学生)
- 贵宾: 0.001
- 金币: 5937.7
- 红花: 1
- 帖子: 431
- 在线: 40.2小时
- 虫号: 719137
- 注册: 2009-03-10
- 性别: GG
- 专业: 基因组学
2楼2010-11-04 15:39:26
3楼2010-11-04 15:43:50
4楼2010-11-04 15:50:57
5楼2010-11-04 15:53:33
★ ★ ★ ★ ★
heying714(金币+1): 2010-11-04 22:34:22
scelab(金币+5):热心虫友，欢迎多来交流~~~:tiger06::tiger28::tiger23: 2010-11-04 23:22:50
heying714(金币+1): 2010-11-04 22:34:22
scelab(金币+5):热心虫友，欢迎多来交流~~~:tiger06::tiger28::tiger23: 2010-11-04 23:22:50
|
1。我觉得是你对蛋白质序列相似度的理解上有些偏差，AA相同时算匹配，亲疏水性相同也算。所以你蛋白序列比对时会觉得相似度很低。其实好多时候40%以上就算同源了。你可以观察下NCBI对蛋白质CDD里面的定义方式。 2。片段断裂，有可能像你说的那样是测序错误。或者你的ORF压根就没找对。还有不知道你BLAST之后能不能找到保守域呢？有些蛋白是由不同的保守域拼凑起来的。 我的一点想法，不知对不对，请高手指正。 |
6楼2010-11-04 21:00:24
7楼2010-11-04 22:36:04