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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】关于基因序列比对
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heying714

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】关于基因序列比对

我得到一个未知基因的序列（用高保真酶P的），在DNAMAN上比对，与最相近的一个已知序列的相似度为83%，可是蛋白序列（根据ncbi比对选择的frame）的相似度只有百分之三十几。肯定蛋白的相似度应该比核酸高啊。。。
序列在NCBI上blast，也分成几段，得到里面几个片段的分别的相似度，而不是从头到尾就给出一个相似度。
我很疑惑，怎么会这样呢？是测序的问题导致发生移码了吗？

请高手指教，谢谢！
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1楼 2010-11-04 15:35:33
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yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)
那就说明不是。
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2楼2010-11-04 15:39:26
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lu_zl

银虫 (小有名气)
你的相似度还应该包括疏水性相同的那部分氨基酸吧？这部分也要加进去啊。
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3楼2010-11-04 15:43:50
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heying714

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yixuanwin at 2010-11-04 15:39:26:
那就说明不是。

可是分段的都是我的酶啊

而且这个序列很我之前用普通Taq P的比较，只是多了4个碱基
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4楼2010-11-04 15:50:57
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heying714

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by lu_zl at 2010-11-04 15:43:50:
你的相似度还应该包括疏水性相同的那部分氨基酸吧？这部分也要加进去啊。

不太明白，求解释

我之前用普通taq P的，核酸和蛋白相似度都很好啊，也没有出现分段的情况

高保真P的只是多了4个碱基
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5楼2010-11-04 15:53:33
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lu_zl

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
heying714(金币+1): 2010-11-04 22:34:22
scelab(金币+5):热心虫友，欢迎多来交流~~~:tiger06::tiger28::tiger23: 2010-11-04 23:22:50
引用回帖:
Originally posted by heying714 at 2010-11-04 15:53:33:



不太明白，求解释

我之前用普通taq P的，核酸和蛋白相似度都很好啊，也没有出现分段的情况

高保真P的只是多了4个碱基

1。我觉得是你对蛋白质序列相似度的理解上有些偏差，AA相同时算匹配，亲疏水性相同也算。所以你蛋白序列比对时会觉得相似度很低。其实好多时候40%以上就算同源了。你可以观察下NCBI对蛋白质CDD里面的定义方式。
2。片段断裂，有可能像你说的那样是测序错误。或者你的ORF压根就没找对。还有不知道你BLAST之后能不能找到保守域呢？有些蛋白是由不同的保守域拼凑起来的。

我的一点想法，不知对不对，请高手指正。
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6楼2010-11-04 21:00:24
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heying714

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by lu_zl at 2010-11-04 21:00:24:



1。我觉得是你对蛋白质序列相似度的理解上有些偏差，AA相同时算匹配，亲疏水性相同也算。所以你蛋白序列比对时会觉得相似度很低。其实好多时候40%以上就算同源了。你可以观察下NCBI对蛋白质CDD里面的定义方 ...

我再比对看看，另外又设了一对引物，重新P，送测序，看看会怎样

谢谢了！
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7楼2010-11-04 22:36:04
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