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【求助/交流】关于基因序列比对
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我得到一个未知基因的序列（用高保真酶P的），在DNAMAN上比对，与最相近的一个已知序列的相似度为83%，可是蛋白序列（根据ncbi比对选择的frame）的相似度只有百分之三十几。肯定蛋白的相似度应该比核酸高啊。。。 序列在NCBI上blast，也分成几段，得到里面几个片段的分别的相似度，而不是从头到尾就给出一个相似度。 我很疑惑，怎么会这样呢？是测序的问题导致发生移码了吗？ 请高手指教，谢谢！ |
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yixuanwin
铁杆木虫 (正式写手)
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2楼2010-11-04 15:39:26
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heying714(金币+1): 2010-11-04 22:34:22
scelab(金币+5):热心虫友，欢迎多来交流~~~:tiger06::tiger28::tiger23: 2010-11-04 23:22:50
heying714(金币+1): 2010-11-04 22:34:22
scelab(金币+5):热心虫友，欢迎多来交流~~~:tiger06::tiger28::tiger23: 2010-11-04 23:22:50
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1。我觉得是你对蛋白质序列相似度的理解上有些偏差，AA相同时算匹配，亲疏水性相同也算。所以你蛋白序列比对时会觉得相似度很低。其实好多时候40%以上就算同源了。你可以观察下NCBI对蛋白质CDD里面的定义方式。 2。片段断裂，有可能像你说的那样是测序错误。或者你的ORF压根就没找对。还有不知道你BLAST之后能不能找到保守域呢？有些蛋白是由不同的保守域拼凑起来的。 我的一点想法，不知对不对，请高手指正。 |
6楼2010-11-04 21:00:24
7楼2010-11-04 22:36:04