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heying714

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】关于基因序列比对

我得到一个未知基因的序列(用高保真酶P的),在DNAMAN上比对,与最相近的一个已知序列的相似度为83%,可是蛋白序列(根据ncbi比对选择的frame)的相似度只有百分之三十几。肯定蛋白的相似度应该比核酸高啊。。。
序列在NCBI上blast,也分成几段,得到里面几个片段的分别的相似度,而不是从头到尾就给出一个相似度。
我很疑惑,怎么会这样呢?是测序的问题导致发生移码了吗?

请高手指教,谢谢!
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heying714

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by lu_zl at 2010-11-04 21:00:24:



1。我觉得是你对蛋白质序列相似度的理解上有些偏差,AA相同时算匹配,亲疏水性相同也算。所以你蛋白序列比对时会觉得相似度很低。其实好多时候40%以上就算同源了。你可以观察下NCBI对蛋白质CDD里面的定义方 ...

我再比对看看,另外又设了一对引物,重新P,送测序,看看会怎样

谢谢了!
7楼2010-11-04 22:36:04
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lu_zl

银虫 (小有名气)

你的相似度还应该包括疏水性相同的那部分氨基酸吧?这部分也要加进去啊。
3楼2010-11-04 15:43:50
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heying714

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by yixuanwin at 2010-11-04 15:39:26:
那就说明不是。

可是分段的都是我的酶啊

而且这个序列很我之前用普通Taq P的比较,只是多了4个碱基
4楼2010-11-04 15:50:57
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heying714

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by lu_zl at 2010-11-04 15:43:50:
你的相似度还应该包括疏水性相同的那部分氨基酸吧?这部分也要加进去啊。

不太明白,求解释

我之前用普通taq P的,核酸和蛋白相似度都很好啊,也没有出现分段的情况

高保真P的只是多了4个碱基
5楼2010-11-04 15:53:33
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