| 查看: 3751 | 回复: 6 | |||
[交流]
【求助/交流】关于ncbi上比对结果的问题 已有5人参与
|
| PCR了一个16s在ncbi上比对，出了一些参数，不明白什么意思，max score,totle score,query coverage,e value,max ident,是什么意义？为什么扩同样菌种（买来的）的16s,在ncbi上比对以后query coverage值也不是100%呢？有哪位有经验的大虾指点我一下吧，不胜感激（还指望能筛到一个新菌毕业呢，16s比来比去成一样的了，/(ㄒoㄒ)/~~） |
回复此楼» 本帖已获得的红花（最新10朵）
longlong166» 猜你喜欢
留学--博士招生
已经有16人回复
-
化学工程，本211，求调剂，ab区不限
已经有4人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有125人回复
-
湖北师范大学招调剂啦
已经有7人回复
-
邵阳学院食品与化学工程学院硕士调剂
已经有0人回复
-
天津商业大学 生物与医药课题组招生
已经有0人回复
-
生物化工学硕招收调剂
已经有0人回复
-
广东石油化工学院2026年硕士研究生需要多名生物，制药工程，食品专业的调剂生
已经有0人回复
-
317分 一志愿江南大学 化学工程学硕 求调剂
已经有6人回复
-
化工申博
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- DNA条形码能用来分析种内的遗传变异、遗传多样性吗？
已经有11人回复
- 关于341F和534R引物的
已经有7人回复
- 关于真菌鉴定的问题
已经有46人回复
- 16S rRNA序列没有提交到NCBI也可以通过blastn在线比对的吧？
已经有4人回复
- 【求助/交流】请问如何用NCBI进行进化树和同源性比较？
已经有7人回复
- 【求助/交流】紧急求助~~ 关于简并引物设计 codehop 和genefisher 在线
已经有12人回复
- 【求助/交流】我做了SSH，测序了400个。反转录序列与NCBI比对还用将其反向吗
已经有3人回复
- 【求助/交流】关于PCR产物的突变
已经有7人回复
- 【求助/交流】关于16srRNA菌种鉴定问题
已经有14人回复
- 【求助/交流】请问，有没有谁知道，如何从NCBI上批量下载一类gene的核苷酸序列？
已经有13人回复
rural2084
木虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1594.1
- 红花: 1
- 帖子: 674
- 在线: 73.5小时
- 虫号: 823747
- 注册: 2009-08-07
- 专业: 微生物资源与分类学
2楼2010-07-14 11:09:39
cnlics
木虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 3014.2
- 红花: 4
- 帖子: 270
- 在线: 422.4小时
- 虫号: 795158
- 注册: 2009-06-16
- 性别: GG
- 专业: 当代宗教
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lstt09nk(金币+3):感谢交流~· 2010-07-14 12:46:33
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lstt09nk(金币+3):感谢交流~· 2010-07-14 12:46:33
|
只需关注query coverage,e value,max ident即可，你还要好好体味下gapped与ungapped、redundancy的含义。 gapped的意思是允许程序在比较序列的时候将序列割裂产生空缺进行比较，这样就可以找到差异较大的相似序列，高度相似的序列被认为在进化上是同源的；相反，ungapped要求在序列比较过程中保持query完整，不允许程序引入空缺即gap。 “冗余－redundancy”：数据库中有很多序列非常相似，有些序列之间只有个别碱基或氨基酸不同，甚至一模一样，这种状态就叫冗余。这导致blast或fasta查询的结果中，常常有很多冗余性的结果。有些nr库是non-redundant的，即非冗余的，是经过人工处理后，将没有明显意义的冗余序列简化了。实际上，生物医学数据库中，并没有严格意义上的nr库，都有一定的冗余度。 可以简单地理解为，e value值越小，比对的条件越严格，在这样严格的前提下，identity的百分比越高，（默认的从进化角度）那么序列之间同源关系越近或者说亲缘关系越密切。 澄清以上概念，你的结果可以很好理解。 既然你做菌种的进化研究，你应该明白，由于数量巨大，细菌的变异是极其常见的。即使单克隆来源的细菌，经过若干代的培养，基因组DNA上也会出现很多突变。 综合序列比对涉及的因素，加上生物学背景知识，你的16SRNA的结果是非常正常的。 |
3楼2010-07-14 11:28:41
4楼2010-07-15 10:06:53
5楼2010-07-15 10:08:19
6楼2010-07-15 10:15:27
7楼2013-05-06 01:15:15
