| 查看: 1594 | 回复: 5 | |||
li41728501银虫 (初入文坛)
|
[交流]
【求助/交流】关于序列的MAF和BED格式 已有1人参与
|
|
我在网上提交比对序列，但要求必须是MAF或BED格式的，然后看了一下英文说明书，不是很明白其中参数的含义，有没有人有中文说明书，或者给我解释一下参数的含义，谢谢。以下是示例： BED格式： Example: Here's an example of an annotation track that uses a complete BED definition: track name=pairedReads description="Clone Paired Reads" useScore=1 chr22 1000 5000 cloneA 960 + 1000 5000 0 2 567,488, 0,3512 chr22 2000 6000 cloneB 900 - 2000 6000 0 2 433,399, 0,3601 MAF格式： track name=euArc visibility=pack ##maf version=1 scoring=tba.v8 # tba.v8 (((human chimp) baboon) (mouse rat)) a score=23262.0 s hg18.chr7 27578828 38 + 158545518 AAA-GGGAATGTTAACCAAATGA---ATTGTCTCTTACGGTG s panTro1.chr6 28741140 38 + 161576975 AAA-GGGAATGTTAACCAAATGA---ATTGTCTCTTACGGTG s baboon 116834 38 + 4622798 AAA-GGGAATGTTAACCAAATGA---GTTGTCTCTTATGGTG s mm4.chr6 53215344 38 + 151104725 -AATGGGAATGTTAAGCAAACGA---ATTGTCTCTCAGTGTG s rn3.chr4 81344243 40 + 187371129 -AA-GGGGATGCTAAGCCAATGAGTTGTTGTCTCTCAATGTG 详细参数说明见链接 http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat |
回复此楼» 猜你喜欢
材料与化工（0856）304求 B区 调剂
已经有3人回复
-
268求调剂
已经有8人回复
-
265求调剂
已经有14人回复
-
350 本科985求调剂，求老登收留
已经有3人回复
-
【考研调剂】化学专业 281分，一志愿四川大学，诚心求调剂
已经有9人回复
-
初试 317
已经有3人回复
-
279分求调剂 一志愿211
已经有15人回复
-
286求调剂
已经有4人回复
-
279求调剂
已经有4人回复
-
求调剂
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于序列拼接为问题
已经有8人回复
- 菜鸟求助——着急求助解答：在NCBI上为什么下载不了FASTA格式的基因序列
已经有9人回复
- 怎样把两个基因的序列串联起来并且生成FASAT格式？
已经有5人回复
- 关于菌株16SrDNA序列鉴定的问题
已经有4人回复
- 关于矢量序列趋于零的命题正确性？
已经有6人回复
- 【求助/交流】关于基因序列比对
已经有6人回复
- 【求助/交流】有登陆号，如何批量从Genbank中导出fasta格式的核酸序列
已经有6人回复
- 【求助/交流】关于基因序列查询问题求助！！
已经有5人回复
- 【求助/交流】求助关于PDB格式的基因序列
已经有4人回复
- 【求助/交流】DNA序列格式转换
已经有6人回复
- 如何将序列转换为FASTA格式？
已经有11人回复
2楼2010-08-02 17:43:52
3楼2010-08-27 19:59:37
|
BED chr22 1000 5000 cloneA 960 + 1000 5000 0 2 567,488, 0,3512 染色体；基因起始位置（TSS）；终止位置（Ter）;名称;明暗值（用于custom trace）；所在+-链；CDS区起始；终止；RGB颜色；exon个数；每个exon的length（以“，”隔开）；每个exon相对TSS的起始位置； 目前最新版本的Refgene里面最后一个参数为了方便使用改为绝对位置了，但不知道你要的是否应该更改。 MAF没用过，但UCSC里说明挺详细的,参数较多，看你想问哪个了？ [ Last edited by genomelin on 2010-8-29 at 03:45 ] |
4楼2010-08-28 20:52:16
5楼2012-05-14 19:45:05
6楼2015-06-05 13:52:02
40