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li41728501银虫 (初入文坛)
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[交流]
【求助/交流】关于序列的MAF和BED格式 已有1人参与
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我在网上提交比对序列，但要求必须是MAF或BED格式的，然后看了一下英文说明书，不是很明白其中参数的含义，有没有人有中文说明书，或者给我解释一下参数的含义，谢谢。以下是示例： BED格式： Example: Here's an example of an annotation track that uses a complete BED definition: track name=pairedReads description="Clone Paired Reads" useScore=1 chr22 1000 5000 cloneA 960 + 1000 5000 0 2 567,488, 0,3512 chr22 2000 6000 cloneB 900 - 2000 6000 0 2 433,399, 0,3601 MAF格式： track name=euArc visibility=pack ##maf version=1 scoring=tba.v8 # tba.v8 (((human chimp) baboon) (mouse rat)) a score=23262.0 s hg18.chr7 27578828 38 + 158545518 AAA-GGGAATGTTAACCAAATGA---ATTGTCTCTTACGGTG s panTro1.chr6 28741140 38 + 161576975 AAA-GGGAATGTTAACCAAATGA---ATTGTCTCTTACGGTG s baboon 116834 38 + 4622798 AAA-GGGAATGTTAACCAAATGA---GTTGTCTCTTATGGTG s mm4.chr6 53215344 38 + 151104725 -AATGGGAATGTTAAGCAAACGA---ATTGTCTCTCAGTGTG s rn3.chr4 81344243 40 + 187371129 -AA-GGGGATGCTAAGCCAATGAGTTGTTGTCTCTCAATGTG 详细参数说明见链接 http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat |
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3楼2010-08-27 19:59:37
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BED chr22 1000 5000 cloneA 960 + 1000 5000 0 2 567,488, 0,3512 染色体；基因起始位置（TSS）；终止位置（Ter）;名称;明暗值（用于custom trace）；所在+-链；CDS区起始；终止；RGB颜色；exon个数；每个exon的length（以“，”隔开）；每个exon相对TSS的起始位置； 目前最新版本的Refgene里面最后一个参数为了方便使用改为绝对位置了，但不知道你要的是否应该更改。 MAF没用过，但UCSC里说明挺详细的,参数较多，看你想问哪个了？ [ Last edited by genomelin on 2010-8-29 at 03:45 ] |
4楼2010-08-28 20:52:16
5楼2012-05-14 19:45:05
6楼2015-06-05 13:52:02