应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 【求助/交流】关于序列的MAF和BED格式
61/1返回列表
查看: 1631  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

li41728501

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】关于序列的MAF和BED格式 已有1人参与

我在网上提交比对序列，但要求必须是MAF或BED格式的，然后看了一下英文说明书，不是很明白其中参数的含义，有没有人有中文说明书，或者给我解释一下参数的含义，谢谢。以下是示例：
BED格式：
Example:
Here's an example of an annotation track that uses a complete BED definition:

track name=pairedReads description="Clone Paired Reads" useScore=1
chr22 1000 5000 cloneA 960 + 1000 5000 0 2 567,488, 0,3512
chr22 2000 6000 cloneB 900 - 2000 6000 0 2 433,399, 0,3601

MAF格式：
track name=euArc visibility=pack
##maf version=1 scoring=tba.v8
# tba.v8 (((human chimp) baboon) (mouse rat))
                  
a score=23262.0     
s hg18.chr7    27578828 38 + 158545518 AAA-GGGAATGTTAACCAAATGA---ATTGTCTCTTACGGTG
s panTro1.chr6 28741140 38 + 161576975 AAA-GGGAATGTTAACCAAATGA---ATTGTCTCTTACGGTG
s baboon         116834 38 +   4622798 AAA-GGGAATGTTAACCAAATGA---GTTGTCTCTTATGGTG
s mm4.chr6     53215344 38 + 151104725 -AATGGGAATGTTAAGCAAACGA---ATTGTCTCTCAGTGTG
s rn3.chr4     81344243 40 + 187371129 -AA-GGGGATGCTAAGCCAATGAGTTGTTGTCTCTCAATGTG

详细参数说明见链接
http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-08-02 11:45:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

看天

木虫 (知名作家)
li41728501(金币+1): 2010-08-02 19:19:24
li41728501(金币+2): 2010-08-06 11:02:06
不懂 帮顶
回复此楼
戒嗔怒以养肝气，省言语以养神气，多读书以养质气，顺时令以养元气，不拘节以养大气，观天变以养灵气，莫强求规于运气。
2楼2010-08-02 17:43:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mosike

木虫 (小有名气)
这个还真没听说过
赞一下 回复此楼
3楼2010-08-27 19:59:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

genomelin

银虫 (小有名气)
BED
chr22 1000 5000 cloneA 960 + 1000 5000 0 2 567,488, 0,3512
染色体；基因起始位置（TSS）；终止位置（Ter）;名称;明暗值（用于custom trace）；所在+-链；CDS区起始；终止；RGB颜色；exon个数；每个exon的length（以“，”隔开）；每个exon相对TSS的起始位置；
目前最新版本的Refgene里面最后一个参数为了方便使用改为绝对位置了，但不知道你要的是否应该更改。
MAF没用过，但UCSC里说明挺详细的,参数较多，看你想问哪个了？

[ Last edited by genomelin on 2010-8-29 at 03:45 ]
赞一下 回复此楼
4楼2010-08-28 20:52:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiongdian

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1993663楼: Originally posted by genomelin at 2010-08-28 20:52:16:
BED
chr22 1000 5000 cloneA 960 + 1000 5000 0 2 567,488, 0,3512
染色体；基因起始位置（TSS）；终止位置（Ter）;名称;明暗值（用于custom trace）；所在+-链；CDS区起始；终止；RGB颜色；exon个数；每个exon ...

你好 麻烦问一下这个明暗值指的是什么意思啊  有什么用啊
赞一下 回复此楼
5楼2012-05-14 19:45:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

鏈夌埍Nyoko

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问明暗值是什么意思啊？
赞一下 回复此楼
6楼2015-06-05 13:52:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 li41728501 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085600材料与化工329分求调剂 +10 叶zilin 2026-04-10 10/500 2026-04-11 07:59 by zlc1986
[考研] 275求调剂 +7 1624447980 2026-04-08 8/400 2026-04-11 00:45 by dc19971224
[考研] 一志愿211，化学310分，本科重点双非，求调剂 +23 努力奋斗112 2026-04-08 23/1150 2026-04-10 23:29 by 314126402
[考研] 291 求调剂 +29 化工2026届毕业� 2026-04-09 29/1450 2026-04-10 22:55 by dick_runner
[考研] 289 分105500药学专硕求调剂(找B区学校) +6 白云123456789 2026-04-09 8/400 2026-04-10 21:13 by zhouxiaoyu
[考研] 287求调剂 +15 Fnhc 2026-04-07 21/1050 2026-04-10 19:09 by chemisry
[考研] 一志愿东北大学控制工程085406数二英二385，求调剂 +6 Ezra_Zhang 2026-04-09 6/300 2026-04-10 16:23 by 高维春
[考研] 277求调剂 +19 倪建设 2026-04-06 19/950 2026-04-10 09:24 by guosr9609
[考研] 085601初试330分找调剂 +10 流心奶黄包l 2026-04-09 10/500 2026-04-10 08:14 by Sammy2
[考研] 316求调剂 +3 想读研究生( ?∵ 2026-04-07 3/150 2026-04-09 17:31 by wp06
[考研] 求调剂 +13 柒luck 2026-04-07 13/650 2026-04-08 22:46 by 猪会飞
[考研] 化学308分求调剂 +21 你好明天你好 2026-04-07 23/1150 2026-04-08 22:32 by 凯凯要变帅
[考研] 土木水利专硕276分求调剂 +6 我想上学！！6 2026-04-05 9/450 2026-04-08 17:45 by 宋小宝HQ
[考研] 求调剂 +11 wwwwabcde 2026-04-07 11/550 2026-04-07 23:16 by JourneyLucky
[考研] 305求调剂 +4 77Qi 2026-04-06 4/200 2026-04-07 20:06 by shanqishi
[考研] 372分材料与化工（085600）英二数二求调剂 +4 蓝笺片 2026-04-06 4/200 2026-04-07 12:30 by dongzh2009
[考研] 327考研调剂推荐 +6 呜呜呜呜呢 2026-04-06 6/300 2026-04-06 21:39 by 啵啵啵0119
[考研] 083200 333求调剂 +3 十二！！ 2026-04-04 3/150 2026-04-05 08:28 by barlinike
[考研] 313求调剂 +3 海日海日 2026-04-04 3/150 2026-04-05 07:48 by 544594351
[考研] 一志愿东北大学085901土木专硕345求调剂 +3 zxt11111 2026-04-04 3/150 2026-04-04 14:21 by 土木硕士招生
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭