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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 【求助/交流】关于序列的MAF和BED格式
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li41728501

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】关于序列的MAF和BED格式 已有1人参与

我在网上提交比对序列，但要求必须是MAF或BED格式的，然后看了一下英文说明书，不是很明白其中参数的含义，有没有人有中文说明书，或者给我解释一下参数的含义，谢谢。以下是示例：
BED格式：
Example:
Here's an example of an annotation track that uses a complete BED definition:

track name=pairedReads description="Clone Paired Reads" useScore=1
chr22 1000 5000 cloneA 960 + 1000 5000 0 2 567,488, 0,3512
chr22 2000 6000 cloneB 900 - 2000 6000 0 2 433,399, 0,3601

MAF格式：
track name=euArc visibility=pack
##maf version=1 scoring=tba.v8
# tba.v8 (((human chimp) baboon) (mouse rat))
                  
a score=23262.0     
s hg18.chr7    27578828 38 + 158545518 AAA-GGGAATGTTAACCAAATGA---ATTGTCTCTTACGGTG
s panTro1.chr6 28741140 38 + 161576975 AAA-GGGAATGTTAACCAAATGA---ATTGTCTCTTACGGTG
s baboon         116834 38 +   4622798 AAA-GGGAATGTTAACCAAATGA---GTTGTCTCTTATGGTG
s mm4.chr6     53215344 38 + 151104725 -AATGGGAATGTTAAGCAAACGA---ATTGTCTCTCAGTGTG
s rn3.chr4     81344243 40 + 187371129 -AA-GGGGATGCTAAGCCAATGAGTTGTTGTCTCTCAATGTG

详细参数说明见链接
http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat
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1楼 2010-08-02 11:45:26
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genomelin

银虫 (小有名气)
BED
chr22 1000 5000 cloneA 960 + 1000 5000 0 2 567,488, 0,3512
染色体；基因起始位置（TSS）；终止位置（Ter）;名称;明暗值（用于custom trace）；所在+-链；CDS区起始；终止；RGB颜色；exon个数；每个exon的length（以“，”隔开）；每个exon相对TSS的起始位置；
目前最新版本的Refgene里面最后一个参数为了方便使用改为绝对位置了，但不知道你要的是否应该更改。
MAF没用过，但UCSC里说明挺详细的,参数较多，看你想问哪个了？

[ Last edited by genomelin on 2010-8-29 at 03:45 ]
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4楼2010-08-28 20:52:16
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mosike

木虫 (小有名气)
这个还真没听说过
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3楼2010-08-27 19:59:37
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xiongdian

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1993663楼: Originally posted by genomelin at 2010-08-28 20:52:16:
BED
chr22 1000 5000 cloneA 960 + 1000 5000 0 2 567,488, 0,3512
染色体；基因起始位置（TSS）；终止位置（Ter）;名称;明暗值（用于custom trace）；所在+-链；CDS区起始；终止；RGB颜色；exon个数；每个exon ...

你好 麻烦问一下这个明暗值指的是什么意思啊  有什么用啊
赞一下 回复此楼
5楼2012-05-14 19:45:05
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鏈夌埍Nyoko

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问明暗值是什么意思啊？
赞一下 回复此楼
6楼2015-06-05 13:52:02
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