| 查看: 1938 | 回复: 6 | |||
[交流]
【求助/交流】关于基因序列比对
|
|
我得到一个未知基因的序列（用高保真酶P的），在DNAMAN上比对，与最相近的一个已知序列的相似度为83%，可是蛋白序列（根据ncbi比对选择的frame）的相似度只有百分之三十几。肯定蛋白的相似度应该比核酸高啊。。。 序列在NCBI上blast，也分成几段，得到里面几个片段的分别的相似度，而不是从头到尾就给出一个相似度。 我很疑惑，怎么会这样呢？是测序的问题导致发生移码了吗？ 请高手指教，谢谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
Wnt-C59：PORCN靶向化学探针，Wnt信号通路阻断机制与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Fexaramine：肠道限制性FXR化学探针，结构特征与信号通路研究全解析
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有92人回复
-
NVS-STG2：靶向STING跨膜域的分子胶类激动剂，结构特征与寡聚化机制研究全解析
已经有0人回复
-
DOTA-GPC3肽（CAS 3066439-94-6）：双功能分子探针前体的结构特征与标记应用解析
已经有0人回复
-
科研用 TLR7/8 双激动剂怎么选？现货与质控要点
已经有0人回复
-
SEL120-34A HCl：CDK8/CDK19高选择性激酶抑制剂
已经有0人回复
-
氢氧化钾活化操作
已经有18人回复
-
散金
已经有68人回复
-
生物质超级电容器
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 怎样根据下列条件在NCBI上搜索到基因序列的全长
已经有4人回复
- DNA条形码能用来分析种内的遗传变异、遗传多样性吗？
已经有11人回复
- 基于氨基酸的系统发育树的构建
已经有6人回复
- 【求助/交流】PCR产物测序总是不对
已经有13人回复
- 【求助/交流】如何做多个DNA序列的蛋白质序列的比对?
已经有9人回复
- 【求助/交流】关于基因克隆写文章的问题
已经有9人回复
- 【求助/交流】关于序列的MAF和BED格式
已经有5人回复
- 【求助/交流】请问，有没有谁知道，如何从NCBI上批量下载一类gene的核苷酸序列？
已经有13人回复
- 【求助/交流】关于ncbi上比对结果的问题
已经有6人回复
yixuanwin
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 22 (小学生)
- 贵宾: 0.001
- 金币: 5937.7
- 红花: 1
- 帖子: 431
- 在线: 40.2小时
- 虫号: 719137
- 注册: 2009-03-10
- 性别: GG
- 专业: 基因组学
2楼2010-11-04 15:39:26
3楼2010-11-04 15:43:50
4楼2010-11-04 15:50:57
5楼2010-11-04 15:53:33
★ ★ ★ ★ ★
heying714(金币+1): 2010-11-04 22:34:22
scelab(金币+5):热心虫友，欢迎多来交流~~~:tiger06::tiger28::tiger23: 2010-11-04 23:22:50
heying714(金币+1): 2010-11-04 22:34:22
scelab(金币+5):热心虫友，欢迎多来交流~~~:tiger06::tiger28::tiger23: 2010-11-04 23:22:50
|
1。我觉得是你对蛋白质序列相似度的理解上有些偏差，AA相同时算匹配，亲疏水性相同也算。所以你蛋白序列比对时会觉得相似度很低。其实好多时候40%以上就算同源了。你可以观察下NCBI对蛋白质CDD里面的定义方式。 2。片段断裂，有可能像你说的那样是测序错误。或者你的ORF压根就没找对。还有不知道你BLAST之后能不能找到保守域呢？有些蛋白是由不同的保守域拼凑起来的。 我的一点想法，不知对不对，请高手指正。 |
6楼2010-11-04 21:00:24
7楼2010-11-04 22:36:04
