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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】核酸序列比对
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darymellon

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】核酸序列比对 已有5人参与

请问：氨基酸序列比对时，在BLAST输入核酸序列blastX后 和 将核酸序列翻译成氨基酸序列进行pblast所得的结果相似性的百分率不同，两种方法应选那种呢？十分感谢！
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1楼 2010-07-02 15:46:05
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ivery

铜虫 (小有名气)
★
darymellon(金币+1):谢谢参与
氨基酸序列已经知道没？
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2楼2010-07-02 15:52:26
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darymellon

金虫 (小有名气)
氨基酸的序列是用核酸序列推算的。
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3楼2010-07-02 17:10:00
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ivery

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★
amisking(金币+3):good！ 2010-07-02 18:25:10
blastp是用你已经推出的唯一序列和库里序列比对

blastx是会分别从第一个、第二个和第三个核酸序列推导出氨基酸序列，再到库里比对

当然会不一样

[ Last edited by ivery on 2010-7-2 at 17:46 ]
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4楼2010-07-02 17:45:35
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silicare

荣誉版主 (文坛精英)

合伙创业版兼职版主

优秀版主
★
darymellon(金币+1):谢谢参与
呵呵，这要看你的结果了，你看一下是不是一个目的蛋白序列就ok了
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5楼2010-07-02 18:32:19
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darymellon

金虫 (小有名气)
谢谢你们！两种方法是同一个目的蛋白，可是相似性不同，该怎么选择呢？
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6楼2010-07-02 23:15:19
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nancy20052008

木虫 (正式写手)
要看目的蛋白的核酸序列比对结果吧
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7楼2010-07-02 23:44:50
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Aimey

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by darymellon at 2010-07-02 17:10:00:
氨基酸的序列是用核酸序列推算的。

个人认为应该以核酸序列为准。因为错位一个碱基，推测的氨基酸序列就会差别很大。
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8楼2010-07-15 08:43:13
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darymellon

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by Aimey at 2010-07-15 08:43:13:


个人认为应该以核酸序列为准。因为错位一个碱基，推测的氨基酸序列就会差别很大。

有道理，谢谢！
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9楼2010-07-15 08:49:01
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