应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 转录组测序后的序列在NCBI上BLAST后遇到的一些问题，求解答
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
61/1返回列表
查看: 3245  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

郭瑞坚001

金虫 (小有名气)

[求助] 转录组测序后的序列在NCBI上BLAST后遇到的一些问题，求解答

我做的是昆虫的分子，测序后回来的序列值NCBI上比对后，后面出现的同源性高的都是一些线虫的，或者是一些杆菌的序列，不是昆虫的啊，不知道这是怎么回事？
还有些序列比对后，竟然连家族都跟测序回来的有出入，不是一个酶的基因？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-07-24 17:25:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bullfrog325

木虫 (正式写手)
最大的可能是污染了
赞一下 回复此楼
2楼2013-07-24 18:05:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

郭瑞坚001

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by bullfrog325 at 2013-07-24 18:05:21
最大的可能是污染了

您是说我的转录组污染了吗？我师兄是说可能我做的这个基因在昆虫上的研究比较少，才出现其他物种的同源基因，但是我从转录组拿一条在很多物种都表达的序列去比对，发现也是出现的杆菌的序列个我的目的序列同源性较大
赞一下 回复此楼
3楼2013-07-24 21:07:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bullfrog325

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你的更多精彩。 2013-07-25 14:30:09
郭瑞坚001: 金币+5, ★有帮助 2013-09-04 11:13:38
比对结果出现最大的相似不是其它昆虫出现几率很小的事情, 毕竟有很多昆虫的序列在数据库里面已经有了.
请问你送去测序的样品是怎么制备的?
赞一下 回复此楼
4楼2013-07-24 22:02:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

郭瑞坚001

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by bullfrog325 at 2013-07-24 22:02:04
比对结果出现最大的相似不是其它昆虫出现几率很小的事情, 毕竟有很多昆虫的序列在数据库里面已经有了.
请问你送去测序的样品是怎么制备的?

比对结果出现的相似度靠前的都不是昆虫的，而是杆菌的，所以我怀疑这个序列可能不是，但是测序回来的注释写的是，但是公司拿来比对是也是根据杆菌的序列确定的。所以是不是说这个序列有可能不是我要确定的目的序列。另，我想做的基因在转录组里面可以筛选吗？我想筛很多条，能全最好，如果不全怎么弄？谢谢您的帮助？
赞一下 回复此楼
5楼2013-07-27 10:27:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

woody196

木虫 (著名写手)
楼主这种现象有可能是你所做的昆虫体内还有寄生虫以及菌类的，提取RNA的时候会混进去一部分，所以你最好查查你做的昆虫的消化系统中是否含有菌类及线虫。
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2013-11-11 20:08:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 郭瑞坚001 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料调剂 +11 一样YWY 2026-04-04 11/550 2026-04-04 23:58 by 永字号
[考研] 材料调剂 +15 一样YWY 2026-04-01 15/750 2026-04-04 22:23 by hemengdong
[考研] 材料调剂 +10 懒羊羊轻置玉臀 2026-04-02 11/550 2026-04-04 21:56 by laoshidan
[考研] 英一数二生物信息学287分，本科生物科学，求调剂 +6 碧水xyz 2026-03-29 7/350 2026-04-04 17:17 by babysonlkd
[考研] 一志愿北京科技大学材料工程085601，求调剂 +17 cdyw 2026-04-02 18/900 2026-04-04 11:14 by w_xuqing
[考研] 一志愿南昌大学324求调剂 +9 hanamiko 2026-03-30 9/450 2026-04-04 11:04 by 猪会飞
[考研] 材料科学与工程考研 +10 拯救皮特托先生 2026-04-02 10/500 2026-04-03 23:57 by userper
[考研] 295求调剂 +6 FZAC123 2026-04-03 6/300 2026-04-03 21:01 by zhq0425
[考研] 301求调剂 +14 A_JiXing 2026-04-01 14/700 2026-04-03 18:31 by ls刘帅
[考研] 285求调剂 +5 AZMK 2026-04-03 8/400 2026-04-03 18:17 by AZMK
[考研] 260求调剂 +3 朱芷琳 2026-04-02 3/150 2026-04-03 08:44 by yulian1987
[考研] 环境工程297分求调剂一志愿杭高院 +15 GENJIOW 2026-03-31 16/800 2026-04-02 17:56 by cyh—315
[考研] 362求调剂 +14 西南交材料专硕3 2026-03-31 14/700 2026-04-02 17:50 by yunlongyang
[考研] 318求调剂 +3 笃行致远. 2026-03-31 4/200 2026-04-02 15:56 by Jaylen.
[考研] 材料求调剂 +10 呢呢妮妮 2026-04-01 13/650 2026-04-02 09:17 by olim
[考研] 一志愿346上海大学生物学 +3 上海大学346调剂 2026-04-01 3/150 2026-04-02 08:36 by w虫虫123
[考研] 318求调剂 +8 七忆77 2026-04-01 8/400 2026-04-01 10:37 by Jaylen.
[考研] 339求调剂 +5 zjjkt 2026-03-31 5/250 2026-04-01 09:18 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +8 11ggg 2026-03-30 8/400 2026-03-31 13:56 by nanaliuyun
[考研] 一志愿中海洋320化学工程与技术学硕求调剂 +8 披星河 2026-03-30 8/400 2026-03-31 08:53 by lbsjt
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭