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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 转录组测序后的序列在NCBI上BLAST后遇到的一些问题，求解答
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郭瑞坚001

金虫 (小有名气)

[求助] 转录组测序后的序列在NCBI上BLAST后遇到的一些问题，求解答

我做的是昆虫的分子，测序后回来的序列值NCBI上比对后，后面出现的同源性高的都是一些线虫的，或者是一些杆菌的序列，不是昆虫的啊，不知道这是怎么回事？
还有些序列比对后，竟然连家族都跟测序回来的有出入，不是一个酶的基因？
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1楼 2013-07-24 17:25:50
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bullfrog325

木虫 (正式写手)
最大的可能是污染了
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2楼2013-07-24 18:05:21
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郭瑞坚001

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by bullfrog325 at 2013-07-24 18:05:21
最大的可能是污染了

您是说我的转录组污染了吗？我师兄是说可能我做的这个基因在昆虫上的研究比较少，才出现其他物种的同源基因，但是我从转录组拿一条在很多物种都表达的序列去比对，发现也是出现的杆菌的序列个我的目的序列同源性较大
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3楼2013-07-24 21:07:02
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bullfrog325

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你的更多精彩。 2013-07-25 14:30:09
郭瑞坚001: 金币+5, ★有帮助 2013-09-04 11:13:38
比对结果出现最大的相似不是其它昆虫出现几率很小的事情, 毕竟有很多昆虫的序列在数据库里面已经有了.
请问你送去测序的样品是怎么制备的?
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4楼2013-07-24 22:02:04
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郭瑞坚001

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by bullfrog325 at 2013-07-24 22:02:04
比对结果出现最大的相似不是其它昆虫出现几率很小的事情, 毕竟有很多昆虫的序列在数据库里面已经有了.
请问你送去测序的样品是怎么制备的?

比对结果出现的相似度靠前的都不是昆虫的，而是杆菌的，所以我怀疑这个序列可能不是，但是测序回来的注释写的是，但是公司拿来比对是也是根据杆菌的序列确定的。所以是不是说这个序列有可能不是我要确定的目的序列。另，我想做的基因在转录组里面可以筛选吗？我想筛很多条，能全最好，如果不全怎么弄？谢谢您的帮助？
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5楼2013-07-27 10:27:53
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woody196

木虫 (著名写手)
楼主这种现象有可能是你所做的昆虫体内还有寄生虫以及菌类的，提取RNA的时候会混进去一部分，所以你最好查查你做的昆虫的消化系统中是否含有菌类及线虫。
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6楼2013-11-11 20:08:38
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