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kopbin

铁虫 (小有名气)

[求助] 《求助》 转录组样品,混合与分开测序的区别?!!! 已有1人参与

本人想设计一个转录组测序的对比实验,现在考虑到样品问题。
公司给的方案里实验组和对照组各6个样品,而且是分别测序,3*6=18个测序反应,我一看费用挺高,而且我们的样品本身代价就很高。。看到有好多文章都是将一组样品进行混合,然后测序。
1.我就想问下分开单个测序与混合之后测序的结果区别在哪里,有多大的区别?
2.我想到的是每个组采集3个样品,混合后测序。这样能不能有说服力?

O(∩_∩)O谢谢。。。。非常感谢。
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海骄子

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kopbin: 金币+3, 有帮助 2013-01-25 21:40:00
混合样是包含多个样品中全部表达的Unigene,不能从中有效的找出每个样品的上调和下调基因!不知你的研究对象是不是有基因组可供参考,若是有的话,可做数字表达谱,相对价格便宜些!若没有,建议转录组和表达谱结合方式进行测序研究!!
2楼2013-01-24 11:39:57
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kopbin

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 海骄子 at 2013-01-24 11:39:57
混合样是包含多个样品中全部表达的Unigene,不能从中有效的找出每个样品的上调和下调基因!不知你的研究对象是不是有基因组可供参考,若是有的话,可做数字表达谱,相对价格便宜些!若没有,建议转录组和表达谱结合 ...

猪的,我分析两个品种的差异表达,寻找某个性状的分子机制以及通路等信息。。。。我想的是,如果这个性状的机制是一定的,那么转录组中对应该性状的表达也应该是一定的,我选择的3个,相当于生物学重复。。。我想应该是够了的。
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3楼2013-01-24 12:04:12
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海骄子

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

三个重复是足够的,这是好像是高水平文章所要要求的。
4楼2013-01-24 13:47:20
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kopbin

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 海骄子 at 2013-01-24 13:47:20
三个重复是足够的,这是好像是高水平文章所要要求的。

嗯,我就想知道混合着测序和单个测序的区别了。
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5楼2013-01-24 16:07:59
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海骄子

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

混合样测序应该比单个测序的涵盖量更大,比如某个单独样中若有独特表达的基因类群,若用混合样来测得话,会比单独的测样基因数多,但不能确定是哪个特异的样品(在你的试验中是猪)所表达的。还有用混合样和单独样,还要考虑你的试验经费和试验目的(最好查看一些资料,进行初步分析后再定)。
6楼2013-01-25 10:43:27
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yinjunparis

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

转录组样本当然3个生物学重复结果会更好,但是需要更多的经费。如果经费有限,也可以考虑混合样本测序,然后做大量的实时定量PCR验证转录组结果也可以。
7楼2013-11-08 16:40:36
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wuweifeng710

木虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by yinjunparis at 2013-11-08 16:40:36
转录组样本当然3个生物学重复结果会更好,但是需要更多的经费。如果经费有限,也可以考虑混合样本测序,然后做大量的实时定量PCR验证转录组结果也可以。

qpcr验证其什么作用,什么原理哦,不明白
8楼2015-06-08 19:25:55
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zhaoyanqin15

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
kopbin: 金币+2, 有帮助, 已完毕 2016-02-25 10:46:33
在你要那类基因不知道其具体表达时间时,可以混合来进行测序,其实前期应该进行一下如组织形态学,生理等大致确定一下。分开测当然好些,不过好贵,经费充足可以考虑。
植物病理学
9楼2016-02-24 21:55:37
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kopbin

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by zhaoyanqin15 at 2016-02-24 21:55:37
在你要那类基因不知道其具体表达时间时,可以混合来进行测序,其实前期应该进行一下如组织形态学,生理等大致确定一下。分开测当然好些,不过好贵,经费充足可以考虑。

额  3年前的帖子了,谢谢关注。目前文章已发5分+

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10楼2016-02-25 10:45:45
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