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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 《求助》 转录组样品，混合与分开测序的区别？！！！
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kopbin

铁虫 (小有名气)

[求助] 《求助》 转录组样品，混合与分开测序的区别？！！！ 已有1人参与

本人想设计一个转录组测序的对比实验，现在考虑到样品问题。
公司给的方案里实验组和对照组各6个样品，而且是分别测序，3*6=18个测序反应，我一看费用挺高，而且我们的样品本身代价就很高。。看到有好多文章都是将一组样品进行混合，然后测序。
1.我就想问下分开单个测序与混合之后测序的结果区别在哪里，有多大的区别？
2.我想到的是每个组采集3个样品，混合后测序。这样能不能有说服力？

O(∩_∩)O谢谢。。。。非常感谢。
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每天进步一点点
1楼 2013-01-24 11:04:35
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海骄子

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kopbin: 金币+3, ★有帮助 2013-01-25 21:40:00
混合样是包含多个样品中全部表达的Unigene，不能从中有效的找出每个样品的上调和下调基因！不知你的研究对象是不是有基因组可供参考，若是有的话，可做数字表达谱，相对价格便宜些！若没有，建议转录组和表达谱结合方式进行测序研究！！
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2楼2013-01-24 11:39:57
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kopbin

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 海骄子 at 2013-01-24 11:39:57
混合样是包含多个样品中全部表达的Unigene，不能从中有效的找出每个样品的上调和下调基因！不知你的研究对象是不是有基因组可供参考，若是有的话，可做数字表达谱，相对价格便宜些！若没有，建议转录组和表达谱结合 ...

猪的，我分析两个品种的差异表达，寻找某个性状的分子机制以及通路等信息。。。。我想的是，如果这个性状的机制是一定的，那么转录组中对应该性状的表达也应该是一定的，我选择的3个，相当于生物学重复。。。我想应该是够了的。
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每天进步一点点
3楼2013-01-24 12:04:12
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海骄子

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

三个重复是足够的，这是好像是高水平文章所要要求的。
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4楼2013-01-24 13:47:20
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kopbin

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 海骄子 at 2013-01-24 13:47:20
三个重复是足够的，这是好像是高水平文章所要要求的。

嗯，我就想知道混合着测序和单个测序的区别了。
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每天进步一点点
5楼2013-01-24 16:07:59
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海骄子

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

混合样测序应该比单个测序的涵盖量更大，比如某个单独样中若有独特表达的基因类群，若用混合样来测得话，会比单独的测样基因数多，但不能确定是哪个特异的样品（在你的试验中是猪）所表达的。还有用混合样和单独样，还要考虑你的试验经费和试验目的（最好查看一些资料，进行初步分析后再定）。
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6楼2013-01-25 10:43:27
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yinjunparis

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

转录组样本当然3个生物学重复结果会更好，但是需要更多的经费。如果经费有限，也可以考虑混合样本测序，然后做大量的实时定量PCR验证转录组结果也可以。
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7楼2013-11-08 16:40:36
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wuweifeng710

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by yinjunparis at 2013-11-08 16:40:36
转录组样本当然3个生物学重复结果会更好，但是需要更多的经费。如果经费有限，也可以考虑混合样本测序，然后做大量的实时定量PCR验证转录组结果也可以。

qpcr验证其什么作用，什么原理哦，不明白
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8楼2015-06-08 19:25:55
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zhaoyanqin15

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
kopbin: 金币+2, ★有帮助, 已完毕 2016-02-25 10:46:33
在你要那类基因不知道其具体表达时间时，可以混合来进行测序，其实前期应该进行一下如组织形态学，生理等大致确定一下。分开测当然好些，不过好贵，经费充足可以考虑。
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植物病理学
9楼2016-02-24 21:55:37
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kopbin

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by zhaoyanqin15 at 2016-02-24 21:55:37
在你要那类基因不知道其具体表达时间时，可以混合来进行测序，其实前期应该进行一下如组织形态学，生理等大致确定一下。分开测当然好些，不过好贵，经费充足可以考虑。

额  3年前的帖子了，谢谢关注。目前文章已发5分+
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10楼2016-02-25 10:45:45
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