应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 《求助》 转录组样品，混合与分开测序的区别？！！！
141/2返回列表12下一页
查看: 5904  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

kopbin

铁虫 (小有名气)

[求助] 《求助》 转录组样品，混合与分开测序的区别？！！！ 已有1人参与

本人想设计一个转录组测序的对比实验，现在考虑到样品问题。
公司给的方案里实验组和对照组各6个样品，而且是分别测序，3*6=18个测序反应，我一看费用挺高，而且我们的样品本身代价就很高。。看到有好多文章都是将一组样品进行混合，然后测序。
1.我就想问下分开单个测序与混合之后测序的结果区别在哪里，有多大的区别？
2.我想到的是每个组采集3个样品，混合后测序。这样能不能有说服力？

O(∩_∩)O谢谢。。。。非常感谢。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

基因芯片VS基因测序

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
每天进步一点点
1楼 2013-01-24 11:04:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

海骄子

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kopbin: 金币+3, ★有帮助 2013-01-25 21:40:00
混合样是包含多个样品中全部表达的Unigene，不能从中有效的找出每个样品的上调和下调基因！不知你的研究对象是不是有基因组可供参考，若是有的话，可做数字表达谱，相对价格便宜些！若没有，建议转录组和表达谱结合方式进行测序研究！！
赞一下 回复此楼
2楼2013-01-24 11:39:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kopbin

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 海骄子 at 2013-01-24 11:39:57
混合样是包含多个样品中全部表达的Unigene，不能从中有效的找出每个样品的上调和下调基因！不知你的研究对象是不是有基因组可供参考，若是有的话，可做数字表达谱，相对价格便宜些！若没有，建议转录组和表达谱结合 ...

猪的，我分析两个品种的差异表达，寻找某个性状的分子机制以及通路等信息。。。。我想的是，如果这个性状的机制是一定的，那么转录组中对应该性状的表达也应该是一定的，我选择的3个，相当于生物学重复。。。我想应该是够了的。
赞一下 回复此楼
每天进步一点点
3楼2013-01-24 12:04:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

海骄子

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

三个重复是足够的，这是好像是高水平文章所要要求的。
赞一下 回复此楼
4楼2013-01-24 13:47:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kopbin

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 海骄子 at 2013-01-24 13:47:20
三个重复是足够的，这是好像是高水平文章所要要求的。

嗯，我就想知道混合着测序和单个测序的区别了。
赞一下 回复此楼
每天进步一点点
5楼2013-01-24 16:07:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

海骄子

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

混合样测序应该比单个测序的涵盖量更大，比如某个单独样中若有独特表达的基因类群，若用混合样来测得话，会比单独的测样基因数多，但不能确定是哪个特异的样品（在你的试验中是猪）所表达的。还有用混合样和单独样，还要考虑你的试验经费和试验目的（最好查看一些资料，进行初步分析后再定）。
赞一下 回复此楼
6楼2013-01-25 10:43:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yinjunparis

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

转录组样本当然3个生物学重复结果会更好，但是需要更多的经费。如果经费有限，也可以考虑混合样本测序，然后做大量的实时定量PCR验证转录组结果也可以。
赞一下 回复此楼
7楼2013-11-08 16:40:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wuweifeng710

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by yinjunparis at 2013-11-08 16:40:36
转录组样本当然3个生物学重复结果会更好，但是需要更多的经费。如果经费有限，也可以考虑混合样本测序，然后做大量的实时定量PCR验证转录组结果也可以。

qpcr验证其什么作用，什么原理哦，不明白
赞一下 回复此楼
8楼2015-06-08 19:25:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaoyanqin15

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
kopbin: 金币+2, ★有帮助, 已完毕 2016-02-25 10:46:33
在你要那类基因不知道其具体表达时间时，可以混合来进行测序，其实前期应该进行一下如组织形态学，生理等大致确定一下。分开测当然好些，不过好贵，经费充足可以考虑。
赞一下 回复此楼
植物病理学
9楼2016-02-24 21:55:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kopbin

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by zhaoyanqin15 at 2016-02-24 21:55:37
在你要那类基因不知道其具体表达时间时，可以混合来进行测序，其实前期应该进行一下如组织形态学，生理等大致确定一下。分开测当然好些，不过好贵，经费充足可以考虑。

额  3年前的帖子了，谢谢关注。目前文章已发5分+
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

自由中
每天进步一点点
10楼2016-02-25 10:45:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 kopbin 的主题更新
141/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +16 爱看书的可乐 2026-08-26 18/900 2026-08-28 11:48 by winsaint
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识 +5 yuleib84 2026-08-26 6/300 2026-08-28 00:02 by yudaoqian88
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 我不理解！ +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +22 羊腰板 2026-08-21 25/1250 2026-08-26 15:00 by zuocuiping
[基金申请] 国际合作可查了，中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[职场人生] 学生撞见辅导员送外卖，第二天全班都沉默了 +3 鲸鱼融金_浙江_� 2026-08-22 3/150 2026-08-26 09:01 by zzuzxg
[基金申请] 国合现在查不到了吗？ +10 chengyan1220 2026-08-24 20/1000 2026-08-26 08:57 by peasantsprig
[基金申请] 明天应该可查了！？ +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭