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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » Illumina solexa转录组测序
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5266720

铜虫 (小有名气)

[求助] Illumina solexa转录组测序 已有1人参与

我正在做转录组方面的实验，用Illumina solexa 来分析两植物样本受到虫害影响后的基因差别。在后续分析中，我要找差异基因，可以直接用差异转录本代替吗，有做这方面的老师吗，是怎么处理的呢？
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1楼 2012-11-27 14:15:57
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5266720

铜虫 (小有名气)
怎么没有人回呢！？ 急需指导啊！
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2楼2012-11-28 08:56:07
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5266720

铜虫 (小有名气)
求高手指导啊！！！！
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3楼2012-11-29 08:41:44
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drxiao2005

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
只鉴定差异表达基因的话，林论上差异转录本就是了。但需要用其他手段进行验证，如RT-PCR.
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4楼2012-11-29 09:26:25
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5266720

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by drxiao2005 at 2012-11-29 09:26:25
只鉴定差异表达基因的话，林论上差异转录本就是了。但需要用其他手段进行验证，如RT-PCR.

但是一个基因可以对应多个转录本啊，某个转录本变化了，就能说明其对应的基因变化了吗？
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5楼2012-11-29 15:11:46
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drxiao2005

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

应该说，转录本变化了就说明基因的转录发生了变化。至于这种变化是否是该基因本身发生变化的结果,一般而言不会。
但转录组测序只能显示转录本种类和水平的变化。
我反正不对转录组测序寄予过高的希望。
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6楼2012-11-30 13:34:06
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llyman

银虫 (小有名气)
请教一下转录组和EST测序的区别大吗？
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7楼2013-01-21 20:13:55
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

来分析两植物样本的基因差别。
能不能请问一下lz，你本来觉得做一个刺激之后所能得到的基因差别是啥呢 一般而言我们关注地，不就是表达量的变化么？
我觉得RNA-Seq能做到的：其一同时也是最常见的就是量的差别，在reference完善的情况下，表达量的差异都是尽量用转录本的表达量。
其二可以看新转录本，发现新的剪接形式。
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8楼2013-01-22 09:03:49
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hongjun6

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我想做革兰氏阴性菌绿脓杆菌（包括大肠杆菌）的转录组测序，北京博奥生物有限公司和康谱森公司做转录组测序如何，后续的数据分析及服务如何，知道的请回复。
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9楼2015-12-09 17:34:04
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