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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 《求助》 转录组样品，混合与分开测序的区别？！！！
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kopbin

铁虫 (小有名气)

[求助] 《求助》 转录组样品，混合与分开测序的区别？！！！ 已有1人参与

本人想设计一个转录组测序的对比实验，现在考虑到样品问题。
公司给的方案里实验组和对照组各6个样品，而且是分别测序，3*6=18个测序反应，我一看费用挺高，而且我们的样品本身代价就很高。。看到有好多文章都是将一组样品进行混合，然后测序。
1.我就想问下分开单个测序与混合之后测序的结果区别在哪里，有多大的区别？
2.我想到的是每个组采集3个样品，混合后测序。这样能不能有说服力？

O(∩_∩)O谢谢。。。。非常感谢。
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每天进步一点点
1楼 2013-01-24 11:04:35
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yinjunparis

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

转录组样本当然3个生物学重复结果会更好，但是需要更多的经费。如果经费有限，也可以考虑混合样本测序，然后做大量的实时定量PCR验证转录组结果也可以。
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7楼2013-11-08 16:40:36
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海骄子

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kopbin: 金币+3, ★有帮助 2013-01-25 21:40:00
混合样是包含多个样品中全部表达的Unigene，不能从中有效的找出每个样品的上调和下调基因！不知你的研究对象是不是有基因组可供参考，若是有的话，可做数字表达谱，相对价格便宜些！若没有，建议转录组和表达谱结合方式进行测序研究！！
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2楼2013-01-24 11:39:57
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kopbin

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 海骄子 at 2013-01-24 11:39:57
混合样是包含多个样品中全部表达的Unigene，不能从中有效的找出每个样品的上调和下调基因！不知你的研究对象是不是有基因组可供参考，若是有的话，可做数字表达谱，相对价格便宜些！若没有，建议转录组和表达谱结合 ...

猪的，我分析两个品种的差异表达，寻找某个性状的分子机制以及通路等信息。。。。我想的是，如果这个性状的机制是一定的，那么转录组中对应该性状的表达也应该是一定的，我选择的3个，相当于生物学重复。。。我想应该是够了的。
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每天进步一点点
3楼2013-01-24 12:04:12
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海骄子

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

三个重复是足够的，这是好像是高水平文章所要要求的。
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4楼2013-01-24 13:47:20
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