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永远一片天

新虫 (正式写手)

[求助] 如何利用文献找到的引物查找目的模板？

如何利用文献找到的引物查找目的模板？验证引物的特异性和正确性··
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1楼 2013-11-21 18:21:17
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soarrow

铁杆木虫 (正式写手)

酱油歪楼党

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
永远一片天: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-11-21 19:56:57
还是blast，选择blastn
引物，上游和下游一起输入，中间空几个---
database 选择 Others
Optimize for 选择 Somewhat similar sequences.....

比对出来的数据就能进一步找到你想要的信息，包括模板序列等等等等
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2楼2013-11-21 19:12:46
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永远一片天

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by soarrow at 2013-11-21 19:12:46
还是blast，选择blastn
引物，上游和下游一起输入，中间空几个---
database 选择 Others
Optimize for 选择 Somewhat similar sequences.....

比对出来的数据就能进一步找到你想要的信息，包括模板序列等等等 ...

可是，会有好多模板的，我不知道要选哪一个？比如，上CAACCGTACAGAATGAAGCGG
下TTATTCGTGCAATACTCGTGCG
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3楼2013-11-21 19:57:56
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soarrow

铁杆木虫 (正式写手)

酱油歪楼党
引用回帖:
3楼: Originally posted by 永远一片天 at 2013-11-21 19:57:56
可是，会有好多模板的，我不知道要选哪一个？比如，上CAACCGTACAGAATGAAGCGG
下TTATTCGTGCAATACTCGTGCG...

汗，选择跟自己研究方向有关的，或者是周围能找得到的or买得到的
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4楼2013-11-21 21:39:43
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jingmi

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by soarrow at 2013-11-21 19:12:46
还是blast，选择blastn
引物，上游和下游一起输入，中间空几个---
database 选择 Others
Optimize for 选择 Somewhat similar sequences.....

比对出来的数据就能进一步找到你想要的信息，包括模板序列等等等 ...

请问您输入的是下游引物的反向互补序列吗
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5楼2015-01-09 16:43:11
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soarrow

铁杆木虫 (正式写手)

酱油歪楼党
引用回帖:
5楼: Originally posted by jingmi at 2015-01-09 16:43:11
请问您输入的是下游引物的反向互补序列吗...

不需要的，，，Blast自己会识别，只是需要在上下游引物之间加入几个  ----   隔开就行
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6楼2015-01-09 19:28:52
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jingmi

新虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by soarrow at 2015-01-09 19:28:52
不需要的，，，Blast自己会识别，只是需要在上下游引物之间加入几个  ----   隔开就行...

反向引物也得是 5端到3端方向输入吧？
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7楼2015-01-10 10:26:16
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soarrow

铁杆木虫 (正式写手)

酱油歪楼党
引用回帖:
7楼: Originally posted by jingmi at 2015-01-10 10:26:16
反向引物也得是 5端到3端方向输入吧？...

当然，文献以及网上的序列啊，引物啊，都是5-3方向，这是默认的规则啊
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8楼2015-01-10 21:57:48
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永远一片天

新虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by soarrow at 2015-01-10 21:57:48
当然，文献以及网上的序列啊，引物啊，都是5-3方向，这是默认的规则啊...

呵呵i，您好啊。最近又遇到难题了。。
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9楼2015-01-11 20:14:57
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