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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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永远一片天

新虫 (正式写手)

[求助] 如何利用文献找到的引物查找目的模板?

如何利用文献找到的引物查找目的模板?验证引物的特异性和正确性··
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soarrow

铁杆木虫 (正式写手)

酱油歪楼党

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
永远一片天: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-11-21 19:56:57
还是blast,选择blastn
引物,上游和下游一起输入,中间空几个---
database 选择 Others
Optimize for 选择 Somewhat similar sequences.....

比对出来的数据就能进一步找到你想要的信息,包括模板序列等等等等


2楼2013-11-21 19:12:46
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永远一片天

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by soarrow at 2013-11-21 19:12:46
还是blast,选择blastn
引物,上游和下游一起输入,中间空几个---
database 选择 Others
Optimize for 选择 Somewhat similar sequences.....

比对出来的数据就能进一步找到你想要的信息,包括模板序列等等等 ...

可是,会有好多模板的,我不知道要选哪一个?比如,上CAACCGTACAGAATGAAGCGG
下TTATTCGTGCAATACTCGTGCG
3楼2013-11-21 19:57:56
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soarrow

铁杆木虫 (正式写手)

酱油歪楼党

引用回帖:
3楼: Originally posted by 永远一片天 at 2013-11-21 19:57:56
可是,会有好多模板的,我不知道要选哪一个?比如,上CAACCGTACAGAATGAAGCGG
下TTATTCGTGCAATACTCGTGCG...

汗,选择跟自己研究方向有关的,或者是周围能找得到的or买得到的
4楼2013-11-21 21:39:43
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jingmi

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by soarrow at 2013-11-21 19:12:46
还是blast,选择blastn
引物,上游和下游一起输入,中间空几个---
database 选择 Others
Optimize for 选择 Somewhat similar sequences.....

比对出来的数据就能进一步找到你想要的信息,包括模板序列等等等 ...

请问您输入的是下游引物的反向互补序列吗
5楼2015-01-09 16:43:11
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soarrow

铁杆木虫 (正式写手)

酱油歪楼党

引用回帖:
5楼: Originally posted by jingmi at 2015-01-09 16:43:11
请问您输入的是下游引物的反向互补序列吗...

不需要的,,,Blast自己会识别,只是需要在上下游引物之间加入几个  ----   隔开就行
6楼2015-01-09 19:28:52
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jingmi

新虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by soarrow at 2015-01-09 19:28:52
不需要的,,,Blast自己会识别,只是需要在上下游引物之间加入几个  ----   隔开就行...

反向引物也得是 5端到3端方向输入吧?
7楼2015-01-10 10:26:16
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soarrow

铁杆木虫 (正式写手)

酱油歪楼党

引用回帖:
7楼: Originally posted by jingmi at 2015-01-10 10:26:16
反向引物也得是 5端到3端方向输入吧?...

当然,文献以及网上的序列啊,引物啊,都是5-3方向,这是默认的规则啊
8楼2015-01-10 21:57:48
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永远一片天

新虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by soarrow at 2015-01-10 21:57:48
当然,文献以及网上的序列啊,引物啊,都是5-3方向,这是默认的规则啊...

呵呵i,您好啊。最近又遇到难题了。。
9楼2015-01-11 20:14:57
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