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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » ——CODEHOP简并引物设计程序的疑惑
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Crescendo

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] ——CODEHOP简并引物设计程序的疑惑

想设计某未测序的线虫CM基因的简并引物，从NCBI上下载了几种其他线虫的CM基因氨基酸序列，通过Block Maker搜保守区（其实我是没弄会这个在线程序，所以通过DNAstar的Megalign by Clustal W method，再用Block Maker网址上Multiple Alignment Processor进行做的）CODEHOP结果显示“No suggested primers found.”

请问会设计的朋友给点建议，该怎么办？
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日拱一卒，功不唐捐
1楼 2011-06-15 22:15:58
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Crescendo

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2461451楼: Originally posted by elric at 2012-12-02 16:35:36
看来楼主接着读博了哈，学习下

10楼2012-12-03 15:02:34
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love_st

金虫 (著名写手)
用DNAMAN或者什么软件进行比对，找出保守位置，在保守位置用引物设计软件进行设计，比如primer5和oligo6，个人倾向oligo6
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2楼2011-06-16 08:49:34
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Crescendo

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by love_st at 2011-06-16 08:49:34:
用DNAMAN或者什么软件进行比对，找出保守位置，在保守位置用引物设计软件进行设计，比如primer5和oligo6，个人倾向oligo6

谢谢！不过听说这种方法所设计的引物简并度太高，可能不是太好吧。
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日拱一卒，功不唐捐
3楼2011-06-16 18:58:27
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love_st

金虫 (著名写手)
简并度高低和你序列保守不保守有关系，怎么和软件有关呢
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4楼2011-06-16 19:27:20
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