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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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laokuang1988

铜虫 (小有名气)

[求助] 请帮我看一下我设计的简并引物

我经过氨基酸多序列比对,然后用primer5.0设计了简并引物,如下:
上游:TGGGNTTYCARGGNTTYGTNATG(854位子)
下游:CTRTACCGNTACKCNTADTACCG(1058位子)是直接搜索得到的。
然后手动设计一条上游引物:AAYYTNACNACNGGNACNGGNTGGA(223位子)

请各位高人指点指点。
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shizishanshang

至尊木虫 (职业作家)

西瓜(金币+3): 很热心! 2012-02-28 20:01:58
引用回帖:
8楼: Originally posted by laokuang1988 at 2012-02-26 19:23:23:
不知道的,我只是知道一段氨基酸序列(39个aa),然后BLAST找到最相似的氨基酸序列。然后听说用aa序列设计简并引物比较好。

你是不是先蛋白测序的?
得到蛋白序列后,BLAST是对的,然后你可以找到其它物种中同源基因的蛋白序列啊(全长),我要知道的是其它物种的全长蛋白序列(亲缘关系近的,四五种以上吧)。

如果你只知道本物种中的39个AA序列,也没有办法做RACE啊。
9楼2012-02-26 20:35:48
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laokuang1988

铜虫 (小有名气)

红色框框代表设计引物的区域
2楼2012-02-25 21:35:11
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shizishanshang

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你把蛋白质序列贴出来,给你设计几对引物

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

4楼2012-02-25 23:33:24
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laokuang1988

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by shizishanshang at 2012-02-25 23:33:24:
你把蛋白质序列贴出来,给你设计几对引物

谢谢,等我回去马上贴上
5楼2012-02-26 08:46:38
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