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文文依凡

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[求助] 关于简并引物设计问题已有1人参与

最近我要扩一个新的基因序列，目前这个基因在鸡身上只有一个预测的序列，没有办法，我只好拿其他物种的相同基因来比对，可是比对找不到保守区域，不知道怎么去设计简并引物，还是我比对方法不对，我用得是DNAstar中的MegAlign来比对的，请求高手指点？？？

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1楼2014-03-08 16:49:09

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音四1990

铁虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-03-09 11:12:54

我们实验室设计的时候不用基因序列用几个物种的氨基酸序列去比较的然后再氨基酸序列中寻找保守区域翻译成碱基序列在氨基酸对应多密码子的时候就可以用简并
不知道跟楼主的情况是否一样……
在一段引物序列中简并的碱基越少越好因为简并太多引物特异性就不好会扩不出东西的

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我没那种命啊轮也不会轮到我

2楼2014-03-09 09:36:38

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文文依凡

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2楼: Originally posted by 音四1990 at 2014-03-09 09:36:38
我们实验室设计的时候不用基因序列用几个物种的氨基酸序列去比较的然后再氨基酸序列中寻找保守区域翻译成碱基序列在氨基酸对应多密码子的时候就可以用简并
不知道跟楼主的情况是否一样……
在一段引物序列 ...

我也把氨基酸序列拿来比了，就是在序列的中间找到一段保守的序列，在上游最多只有五个氨基酸比较保守，下游就没有找到了，这样的可以么？

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3楼2014-03-09 10:55:40

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