应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 关于简并引物设计问题
61/1返回列表
查看: 1867  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

文文依凡

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于简并引物设计问题 已有1人参与

最近我要扩一个新的基因序列，目前这个基因在鸡身上只有一个预测的序列，没有办法，我只好拿其他物种的相同基因来比对，可是比对找不到保守区域，不知道怎么去设计简并引物，还是我比对方法不对，我用得是DNAstar中的MegAlign来比对的，请求高手指点？？？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-03-08 16:49:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

音四1990

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-03-09 11:12:54
我们实验室设计的时候 不用基因序列 用几个物种的氨基酸序列去比较的 然后再氨基酸序列中寻找保守区域 翻译成碱基序列 在氨基酸对应多密码子的时候 就可以用简并
不知道跟楼主的情况是否一样……
在一段引物序列中简并的碱基越少越好 因为简并太多 引物特异性就不好 会扩不出东西的
赞一下(2人) 回复此楼
我没那种命啊轮也不会轮到我
2楼2014-03-09 09:36:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

文文依凡

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 音四1990 at 2014-03-09 09:36:38
我们实验室设计的时候 不用基因序列 用几个物种的氨基酸序列去比较的 然后再氨基酸序列中寻找保守区域 翻译成碱基序列 在氨基酸对应多密码子的时候 就可以用简并
不知道跟楼主的情况是否一样……
在一段引物序列 ...

我也把氨基酸序列拿来比了，就是在序列的中间找到一段保守的序列，在上游最多只有五个氨基酸比较保守，下游就没有找到了，这样的可以么？
赞一下 回复此楼
3楼2014-03-09 10:55:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

文文依凡

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 音四1990 at 2014-03-09 09:36:38
我们实验室设计的时候 不用基因序列 用几个物种的氨基酸序列去比较的 然后再氨基酸序列中寻找保守区域 翻译成碱基序列 在氨基酸对应多密码子的时候 就可以用简并
不知道跟楼主的情况是否一样……
在一段引物序列 ...

而且简并的碱基很多，愁死了
赞一下 回复此楼
4楼2014-03-09 11:07:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

文文依凡

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 音四1990 at 2014-03-09 09:36:38
我们实验室设计的时候 不用基因序列 用几个物种的氨基酸序列去比较的 然后再氨基酸序列中寻找保守区域 翻译成碱基序列 在氨基酸对应多密码子的时候 就可以用简并
不知道跟楼主的情况是否一样……
在一段引物序列 ...

上游的五个保守氨基酸LAEEL  Primer 5翻译结果：YTNGCNGARGARYTN
中间保守段：NVAHGLAWSYYIGYL      
Primer 5翻译结果：AAYGTNGCNCAYGGNYTNGCNTGGWSNTAYTAYATHGGNTAYYTN
赞一下 回复此楼
5楼2014-03-09 11:21:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

音四1990

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 文文依凡 at 2014-03-09 10:55:40
我也把氨基酸序列拿来比了，就是在序列的中间找到一段保守的序列，在上游最多只有五个氨基酸比较保守，下游就没有找到了，这样的可以么？...

对我来说……先合成 然后跑PCR……有没有结果再说么……= =
多弄几段总是有希望的！
赞一下 回复此楼
我没那种命啊轮也不会轮到我
6楼2014-03-09 16:21:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 文文依凡 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 极限拉扯，如何抉择 +11 Isak0320 2026-10-12 15/750 2026-10-14 21:55 by 猫鱼不是鱼
[基金申请] 申请科研项目纯靠实力能成功吗？ 200+5 David1982 2026-10-13 8/400 2026-10-14 21:38 by lhw_GPA4.0
[硕博家园] 中科院海洋所招收海洋材料相关领域博士研究生及研究助理 +3 sujiner 2026-10-08 4/200 2026-10-14 20:40 by qicaiyun
[职场人生] 40+中年人失业后，还能找到好工作吗？ +3 xqy2009 2026-10-13 3/150 2026-10-14 20:17 by 43358052
[论文投稿] 二审4个多月了还是Awaiting Reviewer Scores 10+3 纳斯达克ML 2026-10-11 4/200 2026-10-14 17:30 by babero
[有机交流] OpenAI又攻克数学难题了，离AI做有机合成还有多远？ +8 wangyl_123 2026-10-10 13/650 2026-10-14 15:12 by zuesli
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:34 by XQNyDCa1Tk5n
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:15 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 22:11 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 14:25 by VOMexwnDzOFZ
[教师之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 (EPI+-1)(金币-50) +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 14:05 by VOMexwnDzOFZ
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:51 by VOMexwnDzOFZ
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:45 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:54 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:34 by VOMexwnDzOFZ
[考博] 招收博士生一名 +3 mandolin 2026-10-10 3/150 2026-10-11 10:21 by 不是山谷！
[有机交流] 各位大佬，路线设计求助 +6 zapen 2026-10-08 8/400 2026-10-10 15:59 by zapen
[有机交流] 我应该选哪条合成路线让实验成功率高一些？ +5 jing816y 2026-10-08 9/450 2026-10-10 09:05 by zapen
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭