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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 关于简并引物设计问题
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文文依凡

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于简并引物设计问题 已有1人参与

最近我要扩一个新的基因序列，目前这个基因在鸡身上只有一个预测的序列，没有办法，我只好拿其他物种的相同基因来比对，可是比对找不到保守区域，不知道怎么去设计简并引物，还是我比对方法不对，我用得是DNAstar中的MegAlign来比对的，请求高手指点？？？
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1楼 2014-03-08 16:49:09
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文文依凡

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 音四1990 at 2014-03-09 09:36:38
我们实验室设计的时候 不用基因序列 用几个物种的氨基酸序列去比较的 然后再氨基酸序列中寻找保守区域 翻译成碱基序列 在氨基酸对应多密码子的时候 就可以用简并
不知道跟楼主的情况是否一样……
在一段引物序列 ...

上游的五个保守氨基酸LAEEL  Primer 5翻译结果：YTNGCNGARGARYTN
中间保守段：NVAHGLAWSYYIGYL      
Primer 5翻译结果：AAYGTNGCNCAYGGNYTNGCNTGGWSNTAYTAYATHGGNTAYYTN
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5楼2014-03-09 11:21:09
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音四1990

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-03-09 11:12:54
我们实验室设计的时候 不用基因序列 用几个物种的氨基酸序列去比较的 然后再氨基酸序列中寻找保守区域 翻译成碱基序列 在氨基酸对应多密码子的时候 就可以用简并
不知道跟楼主的情况是否一样……
在一段引物序列中简并的碱基越少越好 因为简并太多 引物特异性就不好 会扩不出东西的
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我没那种命啊轮也不会轮到我
2楼2014-03-09 09:36:38
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文文依凡

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 音四1990 at 2014-03-09 09:36:38
我们实验室设计的时候 不用基因序列 用几个物种的氨基酸序列去比较的 然后再氨基酸序列中寻找保守区域 翻译成碱基序列 在氨基酸对应多密码子的时候 就可以用简并
不知道跟楼主的情况是否一样……
在一段引物序列 ...

我也把氨基酸序列拿来比了，就是在序列的中间找到一段保守的序列，在上游最多只有五个氨基酸比较保守，下游就没有找到了，这样的可以么？
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3楼2014-03-09 10:55:40
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文文依凡

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 音四1990 at 2014-03-09 09:36:38
我们实验室设计的时候 不用基因序列 用几个物种的氨基酸序列去比较的 然后再氨基酸序列中寻找保守区域 翻译成碱基序列 在氨基酸对应多密码子的时候 就可以用简并
不知道跟楼主的情况是否一样……
在一段引物序列 ...

而且简并的碱基很多，愁死了
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4楼2014-03-09 11:07:28
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