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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 引物设计中遇到问题。求助。
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fengyunqb

新虫 (小有名气)

[求助] 引物设计中遇到问题。求助。

我克隆一个基因，找到的相近物种该蛋白的氨基酸序列比对设计简并引物，发现氨基酸序列保守性比较高。老师建议我找到核苷酸序列比对，用核苷酸序列设计引物。但是核苷酸序列长度不一，但CDS长度相差不大，能用CDS区序列比对设计引物吗？这样还是简并引物吗？核苷酸序列保守性就没氨基酸那么大了。该怎么去设计这个引物比较好？哪位虫子遇到过类视情况的指导下。万分感谢。
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1楼 2012-08-10 09:36:20
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芒果布丁

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-08-10 13:51:27
fengyunqb: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-08-10 15:27:50
最好是找到相应的核苷酸序列，如果首尾核苷酸序列相差较大的话就用设计简并引物。。。。如果是长短不一，可能是首端有前导肽什么的吧，这个要事前查阅清楚的，最保守的方法是先调取最长的序列看看同源性，之后再慢慢缩短核苷酸序列的长度。。。。
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喵星人~
2楼2012-08-10 09:45:36
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fangni

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
fengyunqb: 金币+1, ★★★很有帮助 2012-08-10 15:28:13
用CDS区设计引物就可以了，有时候没有必要用全长的
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3楼2012-08-10 09:52:50
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fengyunqb

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 芒果布丁 at 2012-08-10 09:45:36
最好是找到相应的核苷酸序列，如果首尾核苷酸序列相差较大的话就用设计简并引物。。。。如果是长短不一，可能是首端有前导肽什么的吧，这个要事前查阅清楚的，最保守的方法是先调取最长的序列看看同源性，之后再慢慢 ...

恩，氨基酸序列保守性比较高，所以我找核苷酸序列，抠出CDS比对，相似性还是比较理想的，现在我就用CDS设计简并引物对吧？不过导入软件不好找保守区，好像这些软件都喜欢氨基酸序列。有什么推荐吗？
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4楼2012-08-10 10:29:14
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fengyunqb

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by fangni at 2012-08-10 09:52:50
用CDS区设计引物就可以了，有时候没有必要用全长的

恩，我比对一下CDS区。但是CDS是小写的。然后也没对齐。还有数字，跟全长核苷酸序列不一样。我自己整理下格式，前面加个大于号，变成FAST格式。有的软件还不识别。你有这方面的经验吗？
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5楼2012-08-10 10:31:19
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芒果布丁

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
fengyunqb: 金币+7, ★★★★★最佳答案, 谢谢 2012-08-13 09:05:04
引用回帖:
4楼: Originally posted by fengyunqb at 2012-08-10 10:29:14
恩，氨基酸序列保守性比较高，所以我找核苷酸序列，抠出CDS比对，相似性还是比较理想的，现在我就用CDS设计简并引物对吧？不过导入软件不好找保守区，好像这些软件都喜欢氨基酸序列。有什么推荐吗？...

一般找保守序列要多看看文献吧，比对序列什么的就用DNAMAN就OK啦，简单方便~
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喵星人~
6楼2012-08-11 08:25:19
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