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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】引物设计问题求助！
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hnndpt

铁虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】引物设计问题求助！ 已有3人参与

我在NCBI上找到了一个基因的mRNA序列，有完整的阅读框。但是从序列的第5个碱基开始就是编码区，我想从第一个碱基开始设计引物，但是一个老师说测序时前几十个碱基都是不可信的，建议设计的引物离阅读框稍微远一点，但是阅读框离现有序列的5‘端太近，请问这引物该怎么设计？
问题2：
     我想用现有的这个mRNA序列在本物种的EST库中寻找这个基因的EST序列，然后拼接，想把5’端的序列延长一点，但是当我对比之后发现有很多的EST序列，我该选用哪些序列进行拼接？附图中这几个参数都表示什么意思？MAX Score,total score;query coverage;E value.  N.      今天听一个同学说比较EST的时候主要看E值，E值多少才算有重叠呢？图片如下：
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1楼 2010-08-04 18:15:43
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
★
看天(金币+1):鼓励交流 2010-08-04 18:43:52
hnndpt(金币+1):非常感谢！ 2010-08-05 09:14:12
测序前几个碱基不准确，很好解决，双向测通就可以了
但是我现在担心的是，你从一开始设计的引物不一定好用，你可以试试
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-08-04 18:32:03
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
★ ★
reasonspare(金币+2):谢谢分享。 2010-08-05 05:57:46
hnndpt(金币+1):非常感谢！ 2010-08-05 09:14:21
你设计多长目标的引物啊？可以克隆测序不就可以得到全长了？
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3楼2010-08-04 18:38:52
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大白菜123789

铜虫 (小有名气)
★
reasonspare(金币+1):谢谢分享。 2010-08-05 05:57:53
hnndpt(金币+1):非常感谢！ 2010-08-05 09:14:26
可以从中间片段设计引物，进行5‘RACE，就可以拿到5'序列了，然后就可以在此设计引物了
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-08-04 20:56:31
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nmhsd

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
克隆测序是可以测到PCR引物的。
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5楼2012-07-14 22:28:01
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huancgan

禁虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
6楼2012-07-15 23:49:16
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