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zwx26_2006

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】荧光定量引物设计遇到的问题 已有2人参与

我设计的引物,理论上只有100-200bp,可PCR结果却1000bp左右,可能如别人所说我的cDNA含有基因组DNA,要设计跨内含子的引物,可是我知道cds序列,怎么预测内含子的位置呢?
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kaixin179

金虫 (小有名气)

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小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
scelab(金币+1):热心虫友,欢迎多来交流~~~:tiger06::tiger28::tiger23: 2010-06-09 23:17:16
拿CDS两端的引物已基因组为模板进行扩增,再将序列与CDS比对就可以确定内含子位置了
生物必成朝阳产业,甘做拓荒牛!
2楼2010-06-09 21:43:52
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kaixin179

金虫 (小有名气)

scelab:你好,除资源帖和灌水帖外,请勿纯表,谢谢! 2010-06-09 23:17:30
3楼2010-06-09 21:44:24
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ben1147

木虫 (正式写手)

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小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
scelab(金币+3):谢谢交流!:tiger06: 2010-06-09 23:17:47
拿这个基因的mRNA(cDNA)序列和基因组序列比对就能看出来了
如果手头没有基因组序列,可以直接拿cDNA序列去BLAST,一般能搜到基因组的

如果实在得不到,就把这个1000bp的条带切了,克隆之后拿去测序看看,如果不是错配引起的非特异条带的话基本就是基因组序列了,再和cDNA序列比对
4楼2010-06-09 21:58:22
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