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银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】荧光定量引物设计遇到的问题已有2人参与

我设计的引物，理论上只有100-200bp，可PCR结果却1000bp左右，可能如别人所说我的cDNA含有基因组DNA，要设计跨内含子的引物，可是我知道cds序列，怎么预测内含子的位置呢？

1楼 2010-06-09 21:15:04

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木虫 (正式写手)

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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
scelab(金币+3):谢谢交流！:tiger06: 2010-06-09 23:17:47

拿这个基因的mRNA（cDNA）序列和基因组序列比对就能看出来了
如果手头没有基因组序列，可以直接拿cDNA序列去BLAST，一般能搜到基因组的

如果实在得不到，就把这个1000bp的条带切了，克隆之后拿去测序看看，如果不是错配引起的非特异条带的话基本就是基因组序列了，再和cDNA序列比对

4楼2010-06-09 21:58:22

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金虫 (小有名气)

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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
scelab(金币+1):热心虫友，欢迎多来交流~~~:tiger06::tiger28::tiger23: 2010-06-09 23:17:16

拿CDS两端的引物已基因组为模板进行扩增，再将序列与CDS比对就可以确定内含子位置了

生物必成朝阳产业，甘做拓荒牛！

2楼2010-06-09 21:43:52

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