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【求助/交流】引物设计问题求助！ 已有3人参与
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我在NCBI上找到了一个基因的mRNA序列，有完整的阅读框。但是从序列的第5个碱基开始就是编码区，我想从第一个碱基开始设计引物，但是一个老师说测序时前几十个碱基都是不可信的，建议设计的引物离阅读框稍微远一点，但是阅读框离现有序列的5‘端太近，请问这引物该怎么设计？ 问题2： 我想用现有的这个mRNA序列在本物种的EST库中寻找这个基因的EST序列，然后拼接，想把5’端的序列延长一点，但是当我对比之后发现有很多的EST序列，我该选用哪些序列进行拼接？附图中这几个参数都表示什么意思？MAX Score,total score;query coverage;E value. N. 今天听一个同学说比较EST的时候主要看E值，E值多少才算有重叠呢？图片如下：  |
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xp198766
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3楼2010-08-04 18:38:52
yujiaping1
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2楼2010-08-04 18:32:03
大白菜123789
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