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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】求助——引物设计
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wqj1988926

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】求助——引物设计

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分别根据几条核酸序列 蛋白序列设计引物，序列我都找好了
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1楼 2011-03-27 11:24:54
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wqj1988926

金虫 (正式写手)
路过的大仙帮帮忙呀！
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2楼2011-03-27 11:25:23
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天使托

专家顾问 (职业作家)
wqj1988926(金币+1): 谢谢 2011-03-27 20:04:06
你在网上搜索一下设计的软件就可以了
！
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3楼2011-03-27 19:18:08
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wqj1988926

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 天使托 at 2011-03-27 19:18:08:
你在网上搜索一下设计的软件就可以了
！

我找过，不过我的系统是win7的，不兼容
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4楼2011-03-27 20:03:44
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天使托

专家顾问 (职业作家)
wqj1988926(金币+1): 2011-04-25 12:22:17
引用回帖:
Originally posted by wqj1988926 at 2011-03-27 20:03:44:
我找过，不过我的系统是win7的，不兼容

那你可以在网上搜一下兼容版本的程序或者查查为什么不兼容！
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5楼2011-03-27 20:04:43
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jihong-chao

新虫 (初入文坛)

回答

wqj1988926(金币+1): 2011-03-28 12:48:04
primer5就可以用啊
不用安装的可以windows seven可以用
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6楼2011-03-27 22:04:31
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)
★ ★
dhd997(金币+2): good 2011-03-29 16:41:41
你试试在线的引物设计工具吧。NCBI的Primer Blast挺好用的。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/
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7楼2011-03-27 22:41:05
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wqj1988926

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 西瓜 at 2011-03-27 22:41:05:
你试试在线的引物设计工具吧。NCBI的Primer Blast挺好用的。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/

可以多条核酸序列比对后设计引物吗
还有可以用这个对蛋白序列比对设计引物吗
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8楼2011-03-28 13:13:28
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sfb1020

金虫 (小有名气)
wqj1988926(金币+1): 有注册码吗， 2011-03-28 19:24:56
primer 5很好用
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9楼2011-03-28 14:49:32
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wzwhq

铁虫 (小有名气)
wqj1988926(金币+1): 这个不需要注册码吗，可以给个下载链接吗 2011-03-28 19:25:31
DNASTAR软件也很好用
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10楼2011-03-28 15:22:02
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wqj1988926

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by sfb1020 at 2011-03-28 14:49:32:
primer 5很好用

可是好像需要购买才能使用吧，需要注册码的，有可以用的吗
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11楼2011-03-28 19:23:42
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wqj1988926

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by wzwhq at 2011-03-28 15:22:02:
DNASTAR软件也很好用

这个软件不需要注册码吗
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12楼2011-03-28 19:24:21
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csdyg

木虫 (正式写手)
★ ★
wqj1988926(金币+1): 我的是要从已知序列中设计引物，从而去扩增未知序列，这样怎么做呢 2011-03-29 08:26:57
dhd997(金币+2): 欢迎交流 2011-03-30 08:11:52
设计引物一般情况下不要用软件，除非你设计引物来自复杂已知序列，这时用软件可以起到辅助作用，平时只要确定扩增片段就可以根据设计引物的基本方法设计了。不明白为什么有那么多人对设计引物有问题。
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13楼2011-03-28 21:48:52
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csdyg

木虫 (正式写手)
wqj1988926(金币+1): 好的，我试试吧 2011-03-29 08:27:22
如果你非要用软件，primerpremier5网上有破解版，你随便搜索一下就找到了，何必这么麻烦
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14楼2011-03-28 21:52:13
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wzwhq

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by wqj1988926 at 2011-03-28 19:24:21:
这个软件不需要注册码吗

不需要啊，我安装的时候貌似没有要求注册码
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15楼2011-03-29 13:51:35
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jiangzhiang

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by wqj1988926 at 2011-03-28 19:24:21:
这个软件不需要注册码吗

有注册机
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16楼2011-03-29 13:53:17
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csdyg

木虫 (正式写手)
★ ★
dhd997(金币+2): good 2011-03-30 08:12:04
如果是从已知序列中扩增片段，根据你要扩增的片段，在上下游分别找到一段合适的序列做为引物就可以，参照一下引物设计的基本原则，然后去网上检测一下二聚体和二级结构，去sigma网站上可以检测。
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17楼2011-03-29 17:41:21
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wqj1988926

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by csdyg at 2011-03-29 17:41:21:
如果是从已知序列中扩增片段，根据你要扩增的片段，在上下游分别找到一段合适的序列做为引物就可以，参照一下引物设计的基本原则，然后去网上检测一下二聚体和二级结构，去sigma网站上可以检测。

关键我做的是未知序列呀
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18楼2011-03-29 19:09:16
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csdyg

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
dhd997(金币+3): 热心 2011-03-30 08:12:21
wqj1988926(金币+2): 谢谢了，我的重点是怎么设计 2011-03-30 08:36:41
引用回帖:
Originally posted by wqj1988926 at 2011-03-29 19:09:16:
关键我做的是未知序列呀

我知道你做的是未知序列，这样的话用普通引物设计软件更是意义不大，正是因为你扩增的是未知序列，无法load进软件进行分析；再者既然是扩增未知序列，引物误配率也没办法用软件预测。反而你通过手工查找到合适的两端序列进行扩增更能和你的模板有更好的契合度，更容易扩增。

又看了一下你在楼主的帖子，你说的不太清楚。我的理解是你找到一些同源的核酸序列或者是氨基酸序列，想通过这几条序列设计引物在你的DNA样品中扩增目的基因。这种情况下，因为你找到的序列来自同源或者亲缘物种，所以和你真正实验用的DNA来源可能具有一定差异，你最好利用你找到的序列设计简并引物进行扩增。
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19楼2011-03-30 04:06:01
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qiangxhou

木虫 (职业作家)
★ ★
dhd997(金币+2): good 2011-03-30 08:12:30
wqj1988926(金币+1): ncbi上的blast好像不能进行多条序列的比对设计 2011-03-30 08:37:37
在线用引物设计工具吧。NCBI的Primer Blast挺好用的。
还有就是primer 5也很好用，但是涉及完了还得去NCBI的Primer Blast进行同源性比较！
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20楼2011-03-30 06:39:50
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