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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】帮忙查看引物是否合适
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pidou213

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】帮忙查看引物是否合适 已有5人参与

5‘-GTTGAACGACTGGGTCAGTTAACAGGAGCA
5’-GCCAAGGCCAAACACAGCATAATTCAAACCAGT


我的意思是想让虫友们帮忙看看：
1、GC含量
2、Tm值可否合适
3、3‘端有没有问题
4、每一条引物自身的发卡结构严重否？
5、第一条引物后面的A会不会产生错配？
谢谢



请详细解释一下，谢谢啊！！急求高手解决

[ Last edited by pidou213 on 2010-4-29 at 01:18 ]
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见得多爱的多
1楼 2010-04-28 23:41:47
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zjzz

木虫 (正式写手)

在通往变态的坦途上
★
plantaqp(金币+1): 2010-04-29 04:35
MM，知道为什么没有人回复吗？除了我这沙发癖的？
是因为你问的让人不知道怎么回答
你既不给模板的序列或物种，别人没法帮你分析引物是否够特异
你也不说引物是用来做什么的，没法考虑那个方面优先考虑
你不简单说说是否加酶切位点和保护碱基的，即使想帮你分析Tm，G值之类的也不太好下手。
所以说要问好一个问题也很重要啊~~~~~~~
坐完沙发飘走~请无视

[ Last edited by zjzz on 2010-4-29 at 00:53 ]
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终于熬成木虫了……
2楼2010-04-29 00:36:25
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gastrodia

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
pidou213(金币+1):可否继续帮忙 2010-04-29 01:16
plantaqp(金币+3): 2010-04-29 04:36
引物末端的碱基不太好，且太长
5‘-GTTGAACGACTGGGTCAGTTAACAGGAGCA Tm=72.48  GC=50%
5’-GCCAAGGCCAAACACAGCATAATTCAAACCAGT Tm=77 GC=45%
对于RACE，Tm值还行，GC含量第二条不合适，且两条引物太长，23-28bp即可，避免引物3'最末端5个碱基中GC不要超过2个，3‘最末一个碱基不要是G,不要问我为什么？这是经验，此外你用primerprimer5设计引物的时候不要担心错配的问题，置于扩增的产物的长度，你可以通过自己已有的序列翻译成蛋白质去blast，根据相似蛋白到5’或3‘的长度确定目的片段的长度即氨基酸乘以3，然后再加500bp左右的非翻译区即可
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3楼2010-04-29 00:47:30
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pidou213

木虫 (正式写手)
我的意思是想让虫友们帮忙看看：
1、GC含量
2、Tm值可否合适
3、3‘端有没有问题
4、每一条引物自身的发卡结构严重否？
5、谢谢
引用回帖:
Originally posted by zjzz at 2010-04-29 00:36:25:
MM，知道为什么没有人回复吗？除了我这沙发癖的？
是因为你问的让人不知道怎么回答
你既不给模板的序列或物种，别人没法帮你分析引物是否够特异
你也不说引物是用来做什么的，没法考虑那个方面优先考虑
你不简 ...

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见得多爱的多
4楼2010-04-29 01:14:02
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pidou213

木虫 (正式写手)
1、避免引物3'最末端5个碱基中GC不要超过2个，这是为什么呢？/有的说GC结构会很好呢？？

2、3‘最末一个碱基不要是G，我的貌似没有G的，嘿嘿，不太明白你的意思呢
引用回帖:
Originally posted by gastrodia at 2010-04-29 00:47:30:
引物末端的碱基不太好，且太长
5‘-GTTGAACGACTGGGTCAGTTAACAGGAGCA Tm=72.48  GC=50%
5’-GCCAAGGCCAAACACAGCATAATTCAAACCAGT Tm=77 GC=45%
对于RACE，Tm值还行，GC含量第二条不合适，且两条引物太长，23-28b ...

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5楼2010-04-29 01:16:18
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susizheng

木虫 (著名写手)

我們是糖 甜到憂傷
3‘端不要出现互补，你出现了，
3’端最好以G或C结尾。
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Thank-you，so-blue.
6楼2010-04-29 09:29:05
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gastrodia

金虫 (正式写手)
至于为什么的原因，我也不是很清楚，总之这是我看了clontech，invitrogen，ambion，takara 等多个公司的RACE说明书又看了其后面附的参考文献，总结出来的
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7楼2010-04-29 09:56:18
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liyong1981

金虫 (正式写手)
这个你随便用个软件分析下就行了～比如primer5
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8楼2010-04-29 10:56:58
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pidou213

木虫 (正式写手)
可是我的3‘端没有互补呀？？
引用回帖:
Originally posted by susizheng at 2010-04-29 09:29:05:
3‘端不要出现互补，你出现了，
3’端最好以G或C结尾。

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见得多爱的多
9楼2010-04-29 18:41:34
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pidou213

木虫 (正式写手)
可是我的3‘端没有互补呀？？
引用回帖:
Originally posted by susizheng at 2010-04-29 09:29:05:
3‘端不要出现互补，你出现了，
3’端最好以G或C结尾。

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10楼2010-04-29 18:41:47
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