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pidou213

木虫 (正式写手)

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[交流] 【求助/交流】帮忙查看引物是否合适已有5人参与

5‘-GTTGAACGACTGGGTCAGTTAACAGGAGCA
5’-GCCAAGGCCAAACACAGCATAATTCAAACCAGT

我的意思是想让虫友们帮忙看看：
1、GC含量
2、Tm值可否合适
3、3‘端有没有问题
4、每一条引物自身的发卡结构严重否？
5、第一条引物后面的A会不会产生错配？
谢谢

请详细解释一下，谢谢啊！！急求高手解决

[ Last edited by pidou213 on 2010-4-29 at 01:18 ]

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见得多爱的多

1楼 2010-04-28 23:41:47

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gastrodia

金虫 (正式写手)

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★ ★ ★
pidou213(金币+1):可否继续帮忙 2010-04-29 01:16
plantaqp(金币+3): 2010-04-29 04:36

引物末端的碱基不太好，且太长
5‘-GTTGAACGACTGGGTCAGTTAACAGGAGCA Tm=72.48 GC=50%
5’-GCCAAGGCCAAACACAGCATAATTCAAACCAGT Tm=77 GC=45%
对于RACE，Tm值还行，GC含量第二条不合适，且两条引物太长，23-28bp即可，避免引物3'最末端5个碱基中GC不要超过2个，3‘最末一个碱基不要是G,不要问我为什么？这是经验，此外你用primerprimer5设计引物的时候不要担心错配的问题，置于扩增的产物的长度，你可以通过自己已有的序列翻译成蛋白质去blast，根据相似蛋白到5’或3‘的长度确定目的片段的长度即氨基酸乘以3，然后再加500bp左右的非翻译区即可