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pidou213

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】帮忙查看引物是否合适已有5人参与

5‘-GTTGAACGACTGGGTCAGTTAACAGGAGCA
5’-GCCAAGGCCAAACACAGCATAATTCAAACCAGT


我的意思是想让虫友们帮忙看看:
1、GC含量
2、Tm值可否合适
3、3‘端有没有问题
4、每一条引物自身的发卡结构严重否?
5、第一条引物后面的A会不会产生错配?
谢谢



请详细解释一下,谢谢啊!!急求高手解决

[ Last edited by pidou213 on 2010-4-29 at 01:18 ]
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pidou213

木虫 (正式写手)

我的意思是想让虫友们帮忙看看:
1、GC含量
2、Tm值可否合适
3、3‘端有没有问题
4、每一条引物自身的发卡结构严重否?
5、谢谢
引用回帖:
Originally posted by zjzz at 2010-04-29 00:36:25:
MM,知道为什么没有人回复吗?除了我这沙发癖的?
是因为你问的让人不知道怎么回答
你既不给模板的序列或物种,别人没法帮你分析引物是否够特异
你也不说引物是用来做什么的,没法考虑那个方面优先考虑
你不简 ...

见得多爱的多
4楼2010-04-29 01:14:02
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pidou213

木虫 (正式写手)

1、避免引物3'最末端5个碱基中GC不要超过2个,这是为什么呢?/有的说GC结构会很好呢??

2、3‘最末一个碱基不要是G,我的貌似没有G的,嘿嘿,不太明白你的意思呢
引用回帖:
Originally posted by gastrodia at 2010-04-29 00:47:30:
引物末端的碱基不太好,且太长
5‘-GTTGAACGACTGGGTCAGTTAACAGGAGCA Tm=72.48  GC=50%
5’-GCCAAGGCCAAACACAGCATAATTCAAACCAGT Tm=77 GC=45%
对于RACE,Tm值还行,GC含量第二条不合适,且两条引物太长,23-28b ...

见得多爱的多
5楼2010-04-29 01:16:18
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pidou213

木虫 (正式写手)

可是我的3‘端没有互补呀??
引用回帖:
Originally posted by susizheng at 2010-04-29 09:29:05:
3‘端不要出现互补,你出现了,
3’端最好以G或C结尾。

见得多爱的多
9楼2010-04-29 18:41:34
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pidou213

木虫 (正式写手)

可是我的3‘端没有互补呀??
引用回帖:
Originally posted by susizheng at 2010-04-29 09:29:05:
3‘端不要出现互补,你出现了,
3’端最好以G或C结尾。

见得多爱的多
10楼2010-04-29 18:41:47
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pidou213

木虫 (正式写手)

可是我的3‘端没有互补呀??
引用回帖:
Originally posted by susizheng at 2010-04-29 09:29:05:
3‘端不要出现互补,你出现了,
3’端最好以G或C结尾。

见得多爱的多
11楼2010-04-29 18:42:08
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pidou213

木虫 (正式写手)

可是我的3‘端没有互补呀??
引用回帖:
Originally posted by susizheng at 2010-04-29 09:29:05:
3‘端不要出现互补,你出现了,
3’端最好以G或C结尾。

见得多爱的多
12楼2010-04-29 18:43:46
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