应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】帮忙查看引物是否合适
121/2返回列表12下一页
查看: 1373  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

pidou213

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】帮忙查看引物是否合适 已有5人参与

5‘-GTTGAACGACTGGGTCAGTTAACAGGAGCA
5’-GCCAAGGCCAAACACAGCATAATTCAAACCAGT


我的意思是想让虫友们帮忙看看：
1、GC含量
2、Tm值可否合适
3、3‘端有没有问题
4、每一条引物自身的发卡结构严重否？
5、第一条引物后面的A会不会产生错配？
谢谢



请详细解释一下，谢谢啊！！急求高手解决

[ Last edited by pidou213 on 2010-4-29 at 01:18 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
见得多爱的多
1楼 2010-04-28 23:41:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zjzz

木虫 (正式写手)

在通往变态的坦途上
★
plantaqp(金币+1): 2010-04-29 04:35
MM，知道为什么没有人回复吗？除了我这沙发癖的？
是因为你问的让人不知道怎么回答
你既不给模板的序列或物种，别人没法帮你分析引物是否够特异
你也不说引物是用来做什么的，没法考虑那个方面优先考虑
你不简单说说是否加酶切位点和保护碱基的，即使想帮你分析Tm，G值之类的也不太好下手。
所以说要问好一个问题也很重要啊~~~~~~~
坐完沙发飘走~请无视

[ Last edited by zjzz on 2010-4-29 at 00:53 ]
赞一下(1人) 回复此楼
终于熬成木虫了……
2楼2010-04-29 00:36:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gastrodia

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
pidou213(金币+1):可否继续帮忙 2010-04-29 01:16
plantaqp(金币+3): 2010-04-29 04:36
引物末端的碱基不太好，且太长
5‘-GTTGAACGACTGGGTCAGTTAACAGGAGCA Tm=72.48  GC=50%
5’-GCCAAGGCCAAACACAGCATAATTCAAACCAGT Tm=77 GC=45%
对于RACE，Tm值还行，GC含量第二条不合适，且两条引物太长，23-28bp即可，避免引物3'最末端5个碱基中GC不要超过2个，3‘最末一个碱基不要是G,不要问我为什么？这是经验，此外你用primerprimer5设计引物的时候不要担心错配的问题，置于扩增的产物的长度，你可以通过自己已有的序列翻译成蛋白质去blast，根据相似蛋白到5’或3‘的长度确定目的片段的长度即氨基酸乘以3，然后再加500bp左右的非翻译区即可
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2010-04-29 00:47:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pidou213

木虫 (正式写手)
我的意思是想让虫友们帮忙看看：
1、GC含量
2、Tm值可否合适
3、3‘端有没有问题
4、每一条引物自身的发卡结构严重否？
5、谢谢
引用回帖:
Originally posted by zjzz at 2010-04-29 00:36:25:
MM，知道为什么没有人回复吗？除了我这沙发癖的？
是因为你问的让人不知道怎么回答
你既不给模板的序列或物种，别人没法帮你分析引物是否够特异
你也不说引物是用来做什么的，没法考虑那个方面优先考虑
你不简 ...

赞一下 回复此楼
见得多爱的多
4楼2010-04-29 01:14:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pidou213

木虫 (正式写手)
1、避免引物3'最末端5个碱基中GC不要超过2个，这是为什么呢？/有的说GC结构会很好呢？？

2、3‘最末一个碱基不要是G，我的貌似没有G的，嘿嘿，不太明白你的意思呢
引用回帖:
Originally posted by gastrodia at 2010-04-29 00:47:30:
引物末端的碱基不太好，且太长
5‘-GTTGAACGACTGGGTCAGTTAACAGGAGCA Tm=72.48  GC=50%
5’-GCCAAGGCCAAACACAGCATAATTCAAACCAGT Tm=77 GC=45%
对于RACE，Tm值还行，GC含量第二条不合适，且两条引物太长，23-28b ...

赞一下 回复此楼
见得多爱的多
5楼2010-04-29 01:16:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

susizheng

木虫 (著名写手)

我們是糖 甜到憂傷
3‘端不要出现互补，你出现了，
3’端最好以G或C结尾。
赞一下 回复此楼
Thank-you，so-blue.
6楼2010-04-29 09:29:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gastrodia

金虫 (正式写手)
至于为什么的原因，我也不是很清楚，总之这是我看了clontech，invitrogen，ambion，takara 等多个公司的RACE说明书又看了其后面附的参考文献，总结出来的
赞一下 回复此楼
7楼2010-04-29 09:56:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liyong1981

金虫 (正式写手)
这个你随便用个软件分析下就行了～比如primer5
赞一下 回复此楼
8楼2010-04-29 10:56:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pidou213

木虫 (正式写手)
可是我的3‘端没有互补呀？？
引用回帖:
Originally posted by susizheng at 2010-04-29 09:29:05:
3‘端不要出现互补，你出现了，
3’端最好以G或C结尾。

赞一下 回复此楼
见得多爱的多
9楼2010-04-29 18:41:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pidou213

木虫 (正式写手)
可是我的3‘端没有互补呀？？
引用回帖:
Originally posted by susizheng at 2010-04-29 09:29:05:
3‘端不要出现互补，你出现了，
3’端最好以G或C结尾。

赞一下 回复此楼
见得多爱的多
10楼2010-04-29 18:41:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 pidou213 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂院校信息 +4 CX 330 2026-03-21 4/200 2026-03-21 23:48 by ms629
[考研] 328求调剂，英语六级551，有科研经历 +5 生物工程调剂 2026-03-17 9/450 2026-03-21 23:32 by zhujy1982
[考研] 材料学硕301分求调剂 +7 Liyouyumairs 2026-03-21 7/350 2026-03-21 22:31 by peike
[考研] 工科0856求调剂 +3 沐析汀汀 2026-03-21 3/150 2026-03-21 18:30 by 学员8dgXkO
[考研] 278求调剂 +9 烟火先于春 2026-03-17 9/450 2026-03-21 17:47 by 学员8dgXkO
[考研] 336求调剂 +5 rmc8866 2026-03-21 5/250 2026-03-21 17:24 by 学员8dgXkO
[考研] 277材料科学与工程080500求调剂 +6 自由煎饼果子 2026-03-16 6/300 2026-03-21 17:21 by 学员8dgXkO
[考研] 299求调剂 +5 shxchem 2026-03-20 7/350 2026-03-21 17:09 by ColorlessPI
[考研] 330求调剂0854 +3 assdll 2026-03-21 3/150 2026-03-21 13:01 by 搏击518
[考研] 303求调剂 +5 睿08 2026-03-17 7/350 2026-03-21 03:11 by JourneyLucky
[考研] 332求调剂 +4 ydfyh 2026-03-17 4/200 2026-03-21 02:20 by JourneyLucky
[考研] 一志愿重庆大学085700资源与环境专硕，总分308求调剂 +3 墨墨漠 2026-03-18 3/150 2026-03-21 00:39 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +6 曼殊2266 2026-03-18 6/300 2026-03-21 00:32 by JourneyLucky
[考研] 一志愿南昌大学，327分，材料与化工085600 +9 Ncdx123456 2026-03-19 9/450 2026-03-20 23:41 by lovewei0727
[考研] 药学383 求调剂 +3 药学chy 2026-03-15 5/250 2026-03-20 22:11 by 云游重阳
[考研] 086500 325 求调剂 +3 领带小熊 2026-03-19 3/150 2026-03-20 18:38 by 尽舜尧1
[考研] 085601专硕，总分342求调剂，地区不限 +5 share_joy 2026-03-16 5/250 2026-03-18 14:48 by haxia
[考研] 0854可跨调剂，一作一项核心论文五项专利，省、国级证书40+数一英一287 +8 小李0854 2026-03-16 8/400 2026-03-18 14:35 by 搏击518
[论文投稿] 有没有大佬发小论文能带我个二作 +3 增锐漏人 2026-03-17 4/200 2026-03-17 09:26 by xs74101122
[考研] 318求调剂 +3 Yanyali 2026-03-15 3/150 2026-03-16 16:41 by houyaoxu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭