24小时热门版块排行榜    

查看: 2230  |  回复: 12

襄阳蓉儿

新虫 (小有名气)

[交流] 设计了3条引物,请大家帮我看看是否可用,两个哪个好一些呢?谢谢了! 已有9人参与

据说TM值56多的话到时候引物合成回来的TM要40多,可以用吗?
然后有错配的2对引物,错配产物都为0,影响不大把。

2.jpg



1.jpg

3.png

[ Last edited by 襄阳蓉儿 on 2012-9-22 at 17:22 ]
回复此楼

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

少壮不努力,长大pcr
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

孙启亮

金虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
设计的质量都不高,建议楼主修改下错配碱基
另外,评价引物好坏的方法不是看这几张图,建议楼主用primer5 设计引物,用oligo7 评价引物,最后去NCBI进行 primer blast
7楼2012-09-24 22:46:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

襄阳蓉儿

新虫 (小有名气)

木有人啊…

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
少壮不努力,长大pcr
2楼2012-09-23 12:57:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

考研生涯

金虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
送鲜花一朵
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-09-24 10:25:10
LZ并没有把问题说的太明白,对于引物设计有许多的原则问题(比如长度,GC含量,Tm值。。。),其中最重要的是Tm值,当然计算Tm值有多种方法,其中较为常用的有Tm=4×(G+C)+2×(A+T)-5,其中A,T,G,C均为引物能与模板配对的数目,结合一些原则就可以设定理想的引物,对于引物设计原则希望楼主可以去查找一下,细读揣摩。
3楼2012-09-23 13:26:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huxx

金虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-09-25 14:33:07
Tm, GC这些只要不是太离谱,统统都不重要,重要的是 引物序列是否与原序列完全相符, 没有错误碱基. 第一对第三对看起来不错. 还有看你的产物, 一个400bp,一个200.哪个更符合你的要求?
4楼2012-09-23 14:52:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

考研生涯

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by huxx at 2012-09-23 14:52:49
Tm, GC这些只要不是太离谱,统统都不重要,重要的是 引物序列是否与原序列完全相符, 没有错误碱基. 第一对第三对看起来不错. 还有看你的产物, 一个400bp,一个200.哪个更符合你的要求?

此言差矣,引物序列和原序列相符这个毋庸置疑,相信primer设计的不会有错配,那怕是自己手写也不会出错的,最为关键的是Tm,还有保证上下游引物Tm不能相差太大(3-5℃以内)。
5楼2012-09-24 10:32:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

trizol11

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
第三个引物是做好的,
理由:1、自由能变最小。其大于零会产生2聚体
      2、在5端有个gc碱基,比较稳定。
  其他的大家也说了。
任重道远……
6楼2012-09-24 19:57:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

指上阡陌

新虫 (初入文坛)

新人飘过
虚心学习
8楼2012-09-24 23:40:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tnp007

银虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 孙启亮 at 2012-09-24 22:46:18
设计的质量都不高,建议楼主修改下错配碱基
另外,评价引物好坏的方法不是看这几张图,建议楼主用primer5 设计引物,用oligo7 评价引物,最后去NCBI进行 primer blast

特异性很重要

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
9楼2012-09-25 06:00:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

阳光灰灰

木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
看起来还可以吧,去blast一下,主要是你的pcr的方法,你需要的片段长度~仅供参考~

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
10楼2012-09-25 08:26:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 襄阳蓉儿 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 293求调剂 +9 zjl的号 2026-03-16 14/700 2026-03-18 05:13 by qytt腾飞
[考研] 085601材料工程专硕求调剂 +5 慕寒mio 2026-03-16 5/250 2026-03-17 21:31 by hmn_wj
[考研] 材料与化工求调剂 +6 为学666 2026-03-16 6/300 2026-03-17 20:15 by peike
[考研] 本人考085602 化学工程 专硕 +16 不知道叫什么! 2026-03-15 18/900 2026-03-17 17:05 by ruiyingmiao
[考研] 一志愿苏州大学材料工程(085601)专硕有科研经历三项国奖两个实用型专利一项省级立项 +6 大火山小火山 2026-03-16 8/400 2026-03-17 15:05 by 无懈可击111
[考研] 材料与化工专硕调剂 +5 heming3743 2026-03-16 5/250 2026-03-17 14:03 by 勇敢太监王公公
[考研] 285化工学硕求调剂(081700) +9 柴郡猫_ 2026-03-12 9/450 2026-03-17 10:18 by Sammy2
[考研] 材料专硕274一志愿陕西师范大学求调剂 +5 薛云鹏 2026-03-13 5/250 2026-03-17 10:15 by Sammy2
[考研] 304求调剂 +4 ahbd 2026-03-14 4/200 2026-03-16 16:48 by 我的船我的海
[考研] 0703化学调剂 290分有科研经历,论文在投 +7 腻腻gk 2026-03-14 7/350 2026-03-16 10:12 by houyaoxu
[考研] 求老师收留调剂 +4 jiang姜66 2026-03-14 5/250 2026-03-15 20:11 by Winj1e
[考研] 0856专硕279求调剂 +5 加油加油!? 2026-03-15 5/250 2026-03-15 11:58 by 2020015
[考研] 复试调剂 +3 呼呼?~+123456 2026-03-14 3/150 2026-03-14 16:53 by WTUChen
[基金申请] 有必要更换申报口吗 20+3 fannyamoy 2026-03-11 3/150 2026-03-14 00:52 by zhanghaozhu
[考研] 304求调剂 +7 7712b 2026-03-13 7/350 2026-03-13 21:42 by peike
[考研] 311求调剂 +3 冬十三 2026-03-13 3/150 2026-03-13 20:41 by JourneyLucky
[考研] 材料工程调剂 +4 咪咪空空 2026-03-11 4/200 2026-03-13 19:57 by JourneyLucky
[硕博家园] 085600 260分求调剂 +3 天空还下雨么 2026-03-13 5/250 2026-03-13 18:46 by 天空还下雨么
[考研] 求调剂 +3 程雨杭 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:06 by JourneyLucky
[考研] 0856化学工程280分求调剂 +4 shenzxsn 2026-03-11 4/200 2026-03-13 11:55 by ymwdoctor
信息提示
请填处理意见