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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 设计了3条引物，请大家帮我看看是否可用，两个哪个好一些呢？谢谢了！
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襄阳蓉儿

新虫 (小有名气)

[交流] 设计了3条引物，请大家帮我看看是否可用，两个哪个好一些呢？谢谢了！ 已有9人参与

据说TM值56多的话到时候引物合成回来的TM要40多，可以用吗？
然后有错配的2对引物，错配产物都为0，影响不大把。

2.jpg



1.jpg

3.png

[ Last edited by 襄阳蓉儿 on 2012-9-22 at 17:22 ]
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考研生涯

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少壮不努力，长大pcr
1楼 2012-09-22 16:56:23
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

孙启亮

金虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
设计的质量都不高，建议楼主修改下错配碱基
另外，评价引物好坏的方法不是看这几张图，建议楼主用primer5 设计引物，用oligo7 评价引物，最后去NCBI进行 primer blast
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7楼2012-09-24 22:46:18
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普通回帖

襄阳蓉儿

新虫 (小有名气)
木有人啊…

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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少壮不努力，长大pcr
2楼2012-09-23 12:57:05
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考研生涯

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-09-24 10:25:10
LZ并没有把问题说的太明白，对于引物设计有许多的原则问题（比如长度，GC含量，Tm值。。。），其中最重要的是Tm值，当然计算Tm值有多种方法，其中较为常用的有Tm=4×（G+C）+2×（A+T）-5，其中A,T,G,C均为引物能与模板配对的数目，结合一些原则就可以设定理想的引物，对于引物设计原则希望楼主可以去查找一下，细读揣摩。
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3楼2012-09-23 13:26:07
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huxx

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-09-25 14:33:07
Tm, GC这些只要不是太离谱,统统都不重要,重要的是 引物序列是否与原序列完全相符, 没有错误碱基. 第一对第三对看起来不错. 还有看你的产物, 一个400bp,一个200.哪个更符合你的要求?
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4楼2012-09-23 14:52:49
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考研生涯

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by huxx at 2012-09-23 14:52:49
Tm, GC这些只要不是太离谱,统统都不重要,重要的是 引物序列是否与原序列完全相符, 没有错误碱基. 第一对第三对看起来不错. 还有看你的产物, 一个400bp,一个200.哪个更符合你的要求?

此言差矣，引物序列和原序列相符这个毋庸置疑，相信primer设计的不会有错配，那怕是自己手写也不会出错的，最为关键的是Tm，还有保证上下游引物Tm不能相差太大（3-5℃以内）。
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5楼2012-09-24 10:32:15
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trizol11

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
第三个引物是做好的，
理由：1、自由能变最小。其大于零会产生2聚体
      2、在5端有个gc碱基，比较稳定。
  其他的大家也说了。
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任重道远……
6楼2012-09-24 19:57:23
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指上阡陌

新虫 (初入文坛)
新人飘过
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虚心学习
8楼2012-09-24 23:40:01
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tnp007

银虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 孙启亮 at 2012-09-24 22:46:18
设计的质量都不高，建议楼主修改下错配碱基
另外，评价引物好坏的方法不是看这几张图，建议楼主用primer5 设计引物，用oligo7 评价引物，最后去NCBI进行 primer blast

特异性很重要

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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9楼2012-09-25 06:00:19
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阳光灰灰

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
看起来还可以吧，去blast一下，主要是你的pcr的方法，你需要的片段长度～仅供参考～

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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10楼2012-09-25 08:26:05
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