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襄阳蓉儿

新虫 (小有名气)

[交流] 设计了3条引物，请大家帮我看看是否可用，两个哪个好一些呢？谢谢了！ 已有9人参与

据说TM值56多的话到时候引物合成回来的TM要40多，可以用吗？
然后有错配的2对引物，错配产物都为0，影响不大把。

2.jpg



1.jpg

3.png

[ Last edited by 襄阳蓉儿 on 2012-9-22 at 17:22 ]
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考研生涯

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少壮不努力，长大pcr
1楼 2012-09-22 16:56:23
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考研生涯

金虫 (正式写手)
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送鲜花一朵
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-09-24 10:25:10
LZ并没有把问题说的太明白，对于引物设计有许多的原则问题（比如长度，GC含量，Tm值。。。），其中最重要的是Tm值，当然计算Tm值有多种方法，其中较为常用的有Tm=4×（G+C）+2×（A+T）-5，其中A,T,G,C均为引物能与模板配对的数目，结合一些原则就可以设定理想的引物，对于引物设计原则希望楼主可以去查找一下，细读揣摩。
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3楼2012-09-23 13:26:07
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襄阳蓉儿

新虫 (小有名气)
木有人啊…

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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少壮不努力，长大pcr
2楼2012-09-23 12:57:05
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huxx

金虫 (小有名气)
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小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-09-25 14:33:07
Tm, GC这些只要不是太离谱,统统都不重要,重要的是 引物序列是否与原序列完全相符, 没有错误碱基. 第一对第三对看起来不错. 还有看你的产物, 一个400bp,一个200.哪个更符合你的要求?
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4楼2012-09-23 14:52:49
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考研生涯

金虫 (正式写手)
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引用回帖:
4楼: Originally posted by huxx at 2012-09-23 14:52:49
Tm, GC这些只要不是太离谱,统统都不重要,重要的是 引物序列是否与原序列完全相符, 没有错误碱基. 第一对第三对看起来不错. 还有看你的产物, 一个400bp,一个200.哪个更符合你的要求?

此言差矣，引物序列和原序列相符这个毋庸置疑，相信primer设计的不会有错配，那怕是自己手写也不会出错的，最为关键的是Tm，还有保证上下游引物Tm不能相差太大（3-5℃以内）。
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5楼2012-09-24 10:32:15
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