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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 设计了3条引物，请大家帮我看看是否可用，两个哪个好一些呢？谢谢了！
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494750284

木虫 (小有名气)
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小丹木木: 金币+2, 鼓励交流经验 2012-09-25 14:33:38
不负责任的说法是，实践是检验真理的唯一标准。我设计流感NP基因的引物，通过primer看不存在引物二聚体，但是扩增的时候就是出来了。后来从文献上找了一对，在primer 5里看了看，除了发夹结构没有，其他的我觉得都挺玄乎的。结果人家的特异性就是好。大学里有个老师设计引物就是“掐头去尾”，我没看过他的结果咋样，但是他说大部分情况下是没问题的。与其花太多时间纠结，比如都合成之后试一试。一对引物才几十块钱
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11楼2012-09-25 10:59:16
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huxx

金虫 (小有名气)
★
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引用回帖:
5楼: Originally posted by 考研生涯 at 2012-09-24 10:32:15
此言差矣，引物序列和原序列相符这个毋庸置疑，相信primer设计的不会有错配，那怕是自己手写也不会出错的，最为关键的是Tm，还有保证上下游引物Tm不能相差太大（3-5℃以内）。...

我说的错配是指实际上的错配,如你网上找的序列,你根据这个来设计引物,但这个序列和实际你需要扩增的基因组,有可能会有些差异.  另外Tm, 我曾试过两条引物相差10度, 可以扩出来.  还有Primer5的评分,  什么100的, 50的, 只要模版质量好, 都可以扩出来.    也许我扩的东西太简单. 这个PCR要求并不是想象的那么高,  关键模版质量高的话,  引物基本没有错配. 摸摸条件, 一般都能扩的出.

[ Last edited by huxx on 2012-9-25 at 16:23 ]
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12楼2012-09-25 16:13:09
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jl860822

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼上们说的都很专业，你可以先设计，找打分最高的，然后拿到Oligo里面急性评价，如果实在找不到合适的方法去筛选这三个，那就三个都合成出来，然后用PCR来验证，最有效的方法，但比较耗钱
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13楼2012-09-26 15:22:56
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