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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 设计了3条引物，请大家帮我看看是否可用，两个哪个好一些呢？谢谢了！
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襄阳蓉儿

新虫 (小有名气)

[交流] 设计了3条引物，请大家帮我看看是否可用，两个哪个好一些呢？谢谢了！ 已有9人参与

据说TM值56多的话到时候引物合成回来的TM要40多，可以用吗？
然后有错配的2对引物，错配产物都为0，影响不大把。

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[ Last edited by 襄阳蓉儿 on 2012-9-22 at 17:22 ]
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考研生涯

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少壮不努力，长大pcr
1楼 2012-09-22 16:56:23
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494750284

木虫 (小有名气)
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小丹木木: 金币+2, 鼓励交流经验 2012-09-25 14:33:38
不负责任的说法是，实践是检验真理的唯一标准。我设计流感NP基因的引物，通过primer看不存在引物二聚体，但是扩增的时候就是出来了。后来从文献上找了一对，在primer 5里看了看，除了发夹结构没有，其他的我觉得都挺玄乎的。结果人家的特异性就是好。大学里有个老师设计引物就是“掐头去尾”，我没看过他的结果咋样，但是他说大部分情况下是没问题的。与其花太多时间纠结，比如都合成之后试一试。一对引物才几十块钱
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11楼2012-09-25 10:59:16
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襄阳蓉儿

新虫 (小有名气)
木有人啊…

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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少壮不努力，长大pcr
2楼2012-09-23 12:57:05
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考研生涯

金虫 (正式写手)
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送鲜花一朵
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-09-24 10:25:10
LZ并没有把问题说的太明白，对于引物设计有许多的原则问题（比如长度，GC含量，Tm值。。。），其中最重要的是Tm值，当然计算Tm值有多种方法，其中较为常用的有Tm=4×（G+C）+2×（A+T）-5，其中A,T,G,C均为引物能与模板配对的数目，结合一些原则就可以设定理想的引物，对于引物设计原则希望楼主可以去查找一下，细读揣摩。
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3楼2012-09-23 13:26:07
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huxx

金虫 (小有名气)
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小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-09-25 14:33:07
Tm, GC这些只要不是太离谱,统统都不重要,重要的是 引物序列是否与原序列完全相符, 没有错误碱基. 第一对第三对看起来不错. 还有看你的产物, 一个400bp,一个200.哪个更符合你的要求?
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4楼2012-09-23 14:52:49
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