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laokuang1988

铜虫 (小有名气)

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专业: 微生物生理与生物化学

[求助] 请帮我看一下我设计的简并引物

我经过氨基酸多序列比对，然后用primer5.0设计了简并引物，如下：
上游：TGGGNTTYCARGGNTTYGTNATG（854位子）
下游：CTRTACCGNTACKCNTADTACCG（1058位子）是直接搜索得到的。
然后手动设计一条上游引物：AAYYTNACNACNGGNACNGGNTGGA（223位子）

请各位高人指点指点。

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1楼 2012-02-25 21:29:27

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laokuang1988

铜虫 (小有名气)

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楼: Originally posted by shizishanshang at 2012-02-26 20:35:48:
你是不是先蛋白测序的？
得到蛋白序列后，BLAST是对的，然后你可以找到其它物种中同源基因的蛋白序列啊（全长），我要知道的是其它物种的全长蛋白序列（亲缘关系近的，四五种以上吧）。

如果你只知道本物种中 ...

我找了四条全长蛋白序列，做了以上的多序列比对。就是上面图上的