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laokuang1988

铜虫 (小有名气)

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专业: 微生物生理与生物化学

[求助] 请帮我看一下我设计的简并引物

我经过氨基酸多序列比对，然后用primer5.0设计了简并引物，如下：
上游：TGGGNTTYCARGGNTTYGTNATG（854位子）
下游：CTRTACCGNTACKCNTADTACCG（1058位子）是直接搜索得到的。
然后手动设计一条上游引物：AAYYTNACNACNGGNACNGGNTGGA（223位子）

请各位高人指点指点。

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1楼 2012-02-25 21:29:27

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shizishanshang

至尊木虫 (职业作家)

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引用回帖:

6楼: Originally posted by laokuang1988 at 2012-02-26 13:05:25:
>gi|322707380|gb|EFY98959.1| Cel3b putative secreted beta-glucosidase [Metarhizium anisopliae ARSEF 23]
MKSLSIFAAALLTAVVDAGLSTPGHFHKLDARAELATSPPHYPSPWMNPQAPGWEDAYKQARDFVSRMTL
AEKVNLTTGTGWMSDN ...

我倒！你是蛋白序列都知道了？那还设计什么？

我的意思是如果你想从A物种中克隆B基因，此时序列未知。但可以知道其它物种中B的同源基因，我要的是其它物种中的同源基因，这样的话我可以设计简并引物，从A中克隆B基因。

不知道你明白我的意思了没有