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【求助/交流】紧急求助~~ 关于简并引物设计 codehop 和genefisher 在线
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求助关于简并引物设计的问题，希望各位大虾帮忙 本人做的是漆酶基因多样性的东西，这是dnaman中比对的ncbi 下载的序列，有四个部分出现的保守区域还是不少，命名为1 2 3 4，放到codehop中之后要自己肉眼判断保守区域的那一段 然后手动设计引物么？？学环境的 好多东西实在是不懂~~ 希望大家不吝赐教啊~ [ Last edited by 忧游鸟 on 2011-3-31 at 20:28 ] |
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+6): good 2011-03-29 08:42:31
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+6): good 2011-03-29 08:42:31
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你好，如果你确定每次扩增中使用的模板来自单一物种，那最好是分别设计引物针对不同物种进行扩增。 如果你使用的模板是从多物种环境样品中提取出来的，那就不好说了，比较有难度对照不同物种的密码子偏好。不过楼主不用太担心这一问题，因为绝大部分情况下编码同一氨基酸的密码子前两位是固定的，即使偏好性不同也只是在第3位上发生了改变。这样的情况下，只在第三位上进行简并，简并碱基尽量降低简并度，尽量少使用N\D\V\B等高简并度的设计，这需要你在核苷酸序列比对时多做工作，弄清进化过程中同一氨基酸的编码子的保守性。 |
10楼2011-03-28 21:42:33
2楼2011-03-26 01:13:29
3楼2011-03-26 05:11:41
4楼2011-03-26 11:19:22