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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】紧急求助~~ 关于简并引物设计 codehop 和genefisher 在线
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忧游鸟

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】紧急求助~~ 关于简并引物设计 codehop 和genefisher 在线

求助关于简并引物设计的问题，希望各位大虾帮忙

   本人做的是漆酶基因多样性的东西，这是dnaman中比对的ncbi 下载的序列，有四个部分出现的保守区域还是不少，命名为1 2 3 4，放到codehop中之后要自己肉眼判断保守区域的那一段 然后手动设计引物么？？学环境的 好多东西实在是不懂~~ 希望大家不吝赐教啊~

[ Last edited by 忧游鸟 on 2011-3-31 at 20:28 ]
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1楼 2011-03-24 20:20:36
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csdyg

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+6): good 2011-03-29 08:42:31
引用回帖:
Originally posted by 忧游鸟 at 2011-03-28 20:48:04:
您好~~  我要扩增的是一类功能基因，就是可能有不同的物种，有的是细菌，有的是放线菌，有的是子囊菌等，这样就好像没有办法在那个网站里面找密码子偏好表，只能一个一个去找么？

你好，如果你确定每次扩增中使用的模板来自单一物种，那最好是分别设计引物针对不同物种进行扩增。

如果你使用的模板是从多物种环境样品中提取出来的，那就不好说了，比较有难度对照不同物种的密码子偏好。不过楼主不用太担心这一问题，因为绝大部分情况下编码同一氨基酸的密码子前两位是固定的，即使偏好性不同也只是在第3位上发生了改变。这样的情况下，只在第三位上进行简并，简并碱基尽量降低简并度，尽量少使用N\D\V\B等高简并度的设计，这需要你在核苷酸序列比对时多做工作，弄清进化过程中同一氨基酸的编码子的保守性。
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10楼2011-03-28 21:42:33
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csdyg

木虫 (正式写手)
★
1949stone(金币+1): 呵呵 不错 2011-03-28 10:35:47
我有一些这方面的经验，codehop用了几次，还不错，这会没时间，等我下了班回去再给你说，或者你能详细说你一下你的情况

[ Last edited by csdyg on 2011-3-26 at 19:09 ]
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2楼2011-03-26 01:13:29
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csdyg

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
dhd997(金币+3): 很热心，在这里讨论不方便吗？ 2011-03-26 08:49:06
忧游鸟(金币+20): 2011-03-26 11:06:43
在CODEHOP里粘贴进你要比对的序列，生成比对结果之后，用引物设计，软件会自动在保守区序列上生成引物。

但是生成的引物效率并不一定很高，根据我的经验，你最好人工检查，然后根据codehop的基本设计原则自己设计引物
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3楼2011-03-26 05:11:41
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忧游鸟

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by csdyg at 2011-03-26 05:11:41:
在CODEHOP里粘贴进你要比对的序列，生成比对结果之后，用引物设计，软件会自动在保守区序列上生成引物。

但是生成的引物效率并不一定很高，根据我的经验，你最好人工检查，然后根据codehop的基本设计原则自己设 ...

是的 就是放进去比对了之后又很多什么block unknown A B C D E  之类的了 然后分值都是六十多 最后还是要根据自己的保守区域来选取么  需要反过来查找相应的碱基序列来选择密码子的偏好性的碱基么
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4楼2011-03-26 11:19:22
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