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忧游鸟

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[交流] 【求助/交流】紧急求助~~ 关于简并引物设计 codehop 和genefisher 在线

求助关于简并引物设计的问题，希望各位大虾帮忙

本人做的是漆酶基因多样性的东西，这是dnaman中比对的ncbi 下载的序列，有四个部分出现的保守区域还是不少，命名为1 2 3 4，放到codehop中之后要自己肉眼判断保守区域的那一段然后手动设计引物么？？学环境的好多东西实在是不懂~~ 希望大家不吝赐教啊~

[ Last edited by 忧游鸟 on 2011-3-31 at 20:28 ]

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1楼 2011-03-24 20:20:36

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忧游鸟

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引用回帖:

Originally posted by csdyg at 2011-03-26 05:11:41:
在CODEHOP里粘贴进你要比对的序列，生成比对结果之后，用引物设计，软件会自动在保守区序列上生成引物。

但是生成的引物效率并不一定很高，根据我的经验，你最好人工检查，然后根据codehop的基本设计原则自己设 ...

是的就是放进去比对了之后又很多什么block unknown A B C D E 之类的了然后分值都是六十多最后还是要根据自己的保守区域来选取么需要反过来查找相应的碱基序列来选择密码子的偏好性的碱基么