| 查看: 3006 | 回复: 12 | |||
[交流]
【求助/交流】紧急求助~~ 关于简并引物设计 codehop 和genefisher 在线
|
|||
求助关于简并引物设计的问题，希望各位大虾帮忙 本人做的是漆酶基因多样性的东西，这是dnaman中比对的ncbi 下载的序列，有四个部分出现的保守区域还是不少，命名为1 2 3 4，放到codehop中之后要自己肉眼判断保守区域的那一段 然后手动设计引物么？？学环境的 好多东西实在是不懂~~ 希望大家不吝赐教啊~ [ Last edited by 忧游鸟 on 2011-3-31 at 20:28 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
筑牢营养安全线：以精准检测，护健康基石
已经有0人回复
-
推荐一些20种氨基酸检测的实际应用案例
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有119人回复
-
不合理蛙科研实验中的趣事：实验器材的 “乌龙”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验中的趣事：和实验材料的 “斗智斗勇”
已经有0人回复
-
蛋白质检测：精准分析，解锁生物分子的密码
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之小鼠实验：严谨设计，解析生命机制的重要载体
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之重金属检测：精准筛查，守护健康与环境的防线
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“蛙测重金属我背锅三千”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“鼠逃三次我发三篇SCI”
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求助：帮忙设计引物
已经有6人回复
- 求助，紧急求助。。。。。
已经有8人回复
- 如何利用co1基因对物种进行分类？不同物种有不同co1的引物吗？
已经有4人回复
- 求助，CODEHOP 设计的简并引物结果怎么选取~
已经有7人回复
- 引物设计区域选择问题
已经有7人回复
- 哪些公司能免费设计引物？求各位虫虫给予指导
已经有12人回复
- 关于引物设计的问题
已经有5人回复
- 紧急求助：关于Video conference
已经有7人回复
- Gene H. Golub, Charles F. Van Loan 经典著作 Matrix Computation 电子书 【转载】
已经有26人回复
- 请帮我看一下我设计的简并引物
已经有30人回复
- 引物设计的问题
已经有6人回复
- 自设简并引物几对，请高手帮检查下~~~
已经有18人回复
- EQCM使用求助 紧急求助 在线等
已经有11人回复
- 【求助/交流】设计的简并引物扩不出目的条带，求助
已经有18人回复
- 【求助/交流】引物设计的 序列选择问题
已经有9人回复
- 【求助/交流】求助SSR引物开发方法
已经有6人回复
- 【求助/交流】求助：关于做过量表达的基因的引物设计！
已经有4人回复
- 【求助/交流】codehop设计的引物怎么修改？
已经有9人回复
- 急求：构建载体时引物设计的问题
已经有7人回复
- 关于单引物验证..
已经有5人回复
- 引物设计求助~
已经有13人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
散给需要的人
+5/9485
-
郑州大学招收2026年外科学博士研究生
+1/462
-
祝福---好运连连---连连---
+4/264
-
湖北大学食品安全研究团队诚招博士后
+1/186
-
新加坡国立大学张阳教授课题组招聘博士后（AI与生物医学方向）
+1/181
-
山东大学宋维业老师课题组招收光学、自动化控制、深度学习方向博士生
+1/176
-
接样SEM/XPS/XRD/FTIR/BET等多种测试/提供预存服务
+1/86
-
天津大学化学系吴立朋课题组申请考核制博士招生/博后招聘
+1/82
-
中科院深圳先进院成会明院士\唐永炳国家杰青团队招聘
+2/72
-
博士招生
+1/45
-
限广州，征女友
+2/40
-
有没有在ITO或者FTO玻璃上做好的CdS薄膜购买？
+1/33
-
国家青年人才叶立群教授课题组招收2026级博士研究生
+1/30
-
上海交通大学机械与动力工程学院周宝文博士后招聘（化学、材料与能源动力等方向）
+1/25
-
山东大学集成电路学院招收2026年9月入学的博士研究生
+1/16
-
湖南师范大学分子识别与荧光传感团队招收2026年“申请-考核” 制博士研究生1名
+1/10
-
诚招“先进材料与柔性电子（柔性储能或柔性天线）”方向联培博士生
+1/6
-
SCI计算机相关论文
+1/5
-
浙江大学杨林课题组招聘药物化学与有机合成方向博士后
+1/3
-
电子科技大学能源材料界面课题组2026年博士生招生
+1/1
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
1949stone(金币+5): 鼓励 2011-03-28 10:36:11
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
1949stone(金币+5): 鼓励 2011-03-28 10:36:11
|
楼主可以依照codehop的引物设计理念，查找到相应的保守区后，在保守区周围设计引物。 找到你实验用的物种的密码子偏好性表，然后对应保守序列中的每个氨基酸残基给出相应的编码三联密码子。对于保守区内存在两个或多个不同氨基酸残基的位点，分别找出各氨基酸残基的编码密码子，在这些位点上设计简并碱基。一般说来，在进化过程中，即便是氨基酸序列发生改变，也极有可能是因为三位密码子的其中一位突变引起，所以其他两位点均可能为保守。 引物近5’端序列尽量依照密码子偏好性找到最大可能的编码密码子，尽可能不涉及简并碱基，并且5‘端要稍长。3’端序列可以加入3、4个简并碱基，但是要注意的是，3’端最后两位需按照密码子偏好性找到编码序列的前两位，也就是说确定最后两个碱基的正确性。 在数据库中查找相应比对序列时，尽量找亲缘相近物种。 我们可以共同讨论，codehop我是两年前用过设计了不少简并引物，效果都不错。当时查找资料很困难，用这个软件设计引物的不多，而且都没有详细介绍。有时间可以考虑写点这个软件的应用，以抛砖引玉。 楼主用好了也可以分享经验。我都快忘光了，刚才拿出来试了一下，手生了很多。 楼上不知道是不是没找到正确的软件地址，我给你一个在线的，掌握了基本设计理念之后，上手还是蛮快的，个人感觉。 https://icodehop.cphi.washington.edu/i-codehop-context/Welcome [ Last edited by csdyg on 2011-3-27 at 09:59 ] |
6楼2011-03-27 09:58:22
2楼2011-03-26 01:13:29
3楼2011-03-26 05:11:41
4楼2011-03-26 11:19:22
5楼2011-03-26 17:58:43
谢谢，地址找到了，试了试，用着还不行，就想学学这个怎么用，我再摸索摸索 7楼2011-03-27 20:44:03
★ ★ ★ ★ ★
dhd997(金币+5): 热心 2011-03-29 08:42:11
dhd997(金币+5): 热心 2011-03-29 08:42:11
|
可以去看看这个帖子，我刚发上，有关CODEHOP http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3011161&fpage=1 |
8楼2011-03-28 16:31:05
9楼2011-03-28 20:48:04
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+6): good 2011-03-29 08:42:31
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+6): good 2011-03-29 08:42:31
|
你好，如果你确定每次扩增中使用的模板来自单一物种，那最好是分别设计引物针对不同物种进行扩增。 如果你使用的模板是从多物种环境样品中提取出来的，那就不好说了，比较有难度对照不同物种的密码子偏好。不过楼主不用太担心这一问题，因为绝大部分情况下编码同一氨基酸的密码子前两位是固定的，即使偏好性不同也只是在第3位上发生了改变。这样的情况下，只在第三位上进行简并，简并碱基尽量降低简并度，尽量少使用N\D\V\B等高简并度的设计，这需要你在核苷酸序列比对时多做工作，弄清进化过程中同一氨基酸的编码子的保守性。 |
10楼2011-03-28 21:42:33
11楼2012-09-02 09:02:32
12楼2012-09-05 20:39:17
13楼2012-09-06 16:21:13